Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRIM49D1C9J1S8 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRIM49D1C9J1S8 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM49D1C9J1S8 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.08■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM49D1C9J1S8 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
TRIM49D1C9J1S8 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM49D1C9J1S8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM49D1C9J1S8 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM49D1C9J1S8 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TRIM49D1C9J1S8 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms