RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000217402.2

CHMP4B-201, Transcript of charged multivesicular body protein 4B, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CHMP4B, Length 1,646 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4B-201ENST00000217402 NISCHQ9Y2I1 1504 aa64.42■■■■■ 7.9
CHMP4B-201ENST00000217402 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa56.81■■■■■ 6.68
CHMP4B-201ENST00000217402 ABCC9O60706 1549 aa54.83■■■■■ 6.37
CHMP4B-201ENST00000217402 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.87■■■■■ 6.21
CHMP4B-201ENST00000217402 DCAF8L2P0C7V8 631 aa53.59■■■■■ 6.17
CHMP4B-201ENST00000217402 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa53.26■■■■■ 6.12
CHMP4B-201ENST00000217402 NACADO15069 1562 aa53.19■■■■■ 6.11
CHMP4B-201ENST00000217402 MYO15BQ96JP2 1530 aa53.11■■■■■ 6.09
CHMP4B-201ENST00000217402 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa53.06■■■■■ 6.08
CHMP4B-201ENST00000217402 SCRIBQ14160 1630 aa52.06■■■■■ 5.92
CHMP4B-201ENST00000217402 UNC13AQ9UPW8 1703 aa51.89■■■■■ 5.9
CHMP4B-201ENST00000217402 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa51.65■■■■■ 5.86
CHMP4B-201ENST00000217402 BICRAQ9NZM4 1560 aa51.44■■■■■ 5.82
CHMP4B-201ENST00000217402 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP51.42■■■■■ 5.82
CHMP4B-201ENST00000217402 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.15■■■■■ 5.62
CHMP4B-201ENST00000217402 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP50.02■■■■■ 5.6
CHMP4B-201ENST00000217402 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP49.86■■■■■ 5.57
CHMP4B-201ENST00000217402 SMARCA4P51532 1647 aa49.81■■■■■ 5.56
CHMP4B-201ENST00000217402 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.71■■■■■ 5.55
CHMP4B-201ENST00000217402 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.59■■■■■ 5.53
CHMP4B-201ENST00000217402 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP49.46■■■■■ 5.51
CHMP4B-201ENST00000217402 DNAJC5BQ9UF47 199 aa49.45■■■■■ 5.51
CHMP4B-201ENST00000217402 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa49.29■■■■■ 5.48
CHMP4B-201ENST00000217402 SMARCA2P51531 1590 aa49.25■■■■■ 5.47
CHMP4B-201ENST00000217402 WIZO95785 1651 aa49.24■■■■■ 5.47
CHMP4B-201ENST00000217402 PEG3Q9GZU2 1588 aa49.24■■■■■ 5.47
CHMP4B-201ENST00000217402 NCAPD3P42695 1498 aa49.07■■■■■ 5.45
CHMP4B-201ENST00000217402 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.04■■■■■ 5.44
CHMP4B-201ENST00000217402 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP48.97■■■■■ 5.43
CHMP4B-201ENST00000217402 HMGXB3Q12766 1538 aa48.93■■■■■ 5.42
CHMP4B-201ENST00000217402 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.73■■■■■ 5.39
CHMP4B-201ENST00000217402 CCDC88BA6NC98 1476 aa48.17■■■■■ 5.3
CHMP4B-201ENST00000217402 NESP48681 1621 aa47.73■■■■■ 5.23
CHMP4B-201ENST00000217402 CADPSQ9ULU8 1353 aa47.73■■■■■ 5.23
CHMP4B-201ENST00000217402 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.64■■■■■ 5.22
CHMP4B-201ENST00000217402 CFTRP13569 1480 aa47.64■■■■■ 5.22
CHMP4B-201ENST00000217402 PRDM2Q13029 1718 aa47.33■■■■■ 5.17
CHMP4B-201ENST00000217402 PDS5BQ9NTI5 1447 aa47.3■■■■■ 5.16
CHMP4B-201ENST00000217402 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.22■■■■■ 5.15
CHMP4B-201ENST00000217402 ERCC6Q03468 1493 aa47.18■■■■■ 5.14
CHMP4B-201ENST00000217402 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa47.16■■■■■ 5.14
CHMP4B-201ENST00000217402 CEP164Q9UPV0 1460 aa47.07■■■■■ 5.13
CHMP4B-201ENST00000217402 MRC2Q9UBG0 1479 aa46.79■■■■■ 5.08
CHMP4B-201ENST00000217402 ABCC8Q09428 1581 aa46.77■■■■■ 5.08
CHMP4B-201ENST00000217402 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP46.75■■■■■ 5.07
CHMP4B-201ENST00000217402 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP46.69■■■■■ 5.07
CHMP4B-201ENST00000217402 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.62■■■■■ 5.055e-6■■■■■ 64.5
CHMP4B-201ENST00000217402 WDR62O43379 1518 aa46.59■■■■■ 5.05
CHMP4B-201ENST00000217402 CUX1P39880 1505 aa46.58■■■■■ 5.05
CHMP4B-201ENST00000217402 DNMBPQ6XZF7 1577 aa46.58■■■■■ 5.05
CHMP4B-201ENST00000217402 TOPBP1Q92547 1522 aa46.56■■■■■ 5.04
CHMP4B-201ENST00000217402 SYNJ1O43426 1573 aa46.49■■■■■ 5.03
CHMP4B-201ENST00000217402 TOP2BQ02880 1626 aa46.39■■■■■ 5.02
CHMP4B-201ENST00000217402 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa46.37■■■■■ 5.01
CHMP4B-201ENST00000217402 FGD5Q6ZNL6 1462 aa46.28■■■■■ 5
CHMP4B-201ENST00000217402 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP46.24■■■■■ 4.99
CHMP4B-201ENST00000217402 CHIC1Q5VXU3 224 aa46.24■■■■■ 4.99
CHMP4B-201ENST00000217402 CUX2O14529 1486 aa46.23■■■■■ 4.99
CHMP4B-201ENST00000217402 TRIM41Q8WV44 630 aa46.21■■■■■ 4.99
CHMP4B-201ENST00000217402 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa46.07■■■■■ 4.96
CHMP4B-201ENST00000217402 SOGA1O94964 1423 aa46.05■■■■■ 4.96
CHMP4B-201ENST00000217402 IFT140Q96RY7 1462 aa46.01■■■■■ 4.96
CHMP4B-201ENST00000217402 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP45.96■■■■■ 4.95
CHMP4B-201ENST00000217402 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa45.83■■■■■ 4.93
CHMP4B-201ENST00000217402 WDR97A6NE52 1622 aa45.81■■■■■ 4.92
CHMP4B-201ENST00000217402 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP45.79■■■■■ 4.92
CHMP4B-201ENST00000217402 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP45.73■■■■■ 4.91
CHMP4B-201ENST00000217402 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP45.65■■■■■ 4.94e-8■■■■■ 34.1
CHMP4B-201ENST00000217402 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP45.64■■■■■ 4.9
CHMP4B-201ENST00000217402 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa45.58■■■■■ 4.89
CHMP4B-201ENST00000217402 KIF27Q86VH2 1401 aa45.55■■■■■ 4.88
CHMP4B-201ENST00000217402 GAPVD1Q14C86 1478 aa45.54■■■■■ 4.88
CHMP4B-201ENST00000217402 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa45.51■■■■■ 4.88
CHMP4B-201ENST00000217402 PBRM1Q86U86 1689 aa45.4■■■■■ 4.86
CHMP4B-201ENST00000217402 GRIN2BQ13224 1484 aa45.39■■■■■ 4.86
CHMP4B-201ENST00000217402 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP45.33■■■■■ 4.85
CHMP4B-201ENST00000217402 ERICH3Q5RHP9 1530 aa45.28■■■■■ 4.84
CHMP4B-201ENST00000217402 EEA1Q15075 1411 aa45.26■■■■■ 4.84
CHMP4B-201ENST00000217402 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa45.26■■■■■ 4.84
CHMP4B-201ENST00000217402 IGF1RP08069 1367 aa45.25■■■■■ 4.83
CHMP4B-201ENST00000217402 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP45.16■■■■■ 4.82
CHMP4B-201ENST00000217402 CSRNP3Q8WYN3 585 aa45.12■■■■■ 4.81
CHMP4B-201ENST00000217402 ADAMTS12P58397 1594 aa45.1■■■■■ 4.81
CHMP4B-201ENST00000217402 CUL7Q14999 1698 aa45.07■■■■■ 4.81
CHMP4B-201ENST00000217402 FHAD1B1AJZ9 1412 aa45.03■■■■■ 4.8
CHMP4B-201ENST00000217402 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa45.01■■■■■ 4.8
CHMP4B-201ENST00000217402 SYNJ2O15056 1496 aa44.99■■■■■ 4.79
CHMP4B-201ENST00000217402 FBLN2P98095 1184 aa44.97■■■■■ 4.79
CHMP4B-201ENST00000217402 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP44.93■■■■■ 4.78
CHMP4B-201ENST00000217402 PRXQ9BXM0 1461 aa44.91■■■■■ 4.78
CHMP4B-201ENST00000217402 CHD1O14646 1710 aa44.88■■■■■ 4.78
CHMP4B-201ENST00000217402 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa44.84■■■■■ 4.77
CHMP4B-201ENST00000217402 GRIN2AQ12879 1464 aa44.83■■■■■ 4.77
CHMP4B-201ENST00000217402 KIF21BO75037 1637 aa44.76■■■■■ 4.76
CHMP4B-201ENST00000217402 EHMT2Q96KQ7 1210 aa44.75■■■■■ 4.75
CHMP4B-201ENST00000217402 GOLGA3Q08378 1498 aa44.61■■■■■ 4.73
CHMP4B-201ENST00000217402 CEP170Q5SW79 1584 aa44.59■■■■■ 4.73
CHMP4B-201ENST00000217402 NUP160Q12769 1436 aa44.56■■■■■ 4.72
CHMP4B-201ENST00000217402 OSCARQ8IYS5 282 aa44.53■■■■■ 4.72
CHMP4B-201ENST00000217402 UBTFP17480 764 aaKnown RBP44.45■■■■■ 4.71
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