RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000553403.1

CCDC88C-205, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CCDC88C, Length 1,651 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-205ENST00000553403 NISCHQ9Y2I1 1504 aa58.48■■■■■ 6.95
CCDC88C-205ENST00000553403 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.74■■■■■ 5.71
CCDC88C-205ENST00000553403 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP49.24■■■■■ 5.47
CCDC88C-205ENST00000553403 ABCC9O60706 1549 aa49■■■■■ 5.43
CCDC88C-205ENST00000553403 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa48.4■■■■■ 5.34
CCDC88C-205ENST00000553403 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.05■■■■■ 5.28
CCDC88C-205ENST00000553403 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa48.01■■■■■ 5.28
CCDC88C-205ENST00000553403 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.63■■■■■ 5.22
CCDC88C-205ENST00000553403 NACADO15069 1562 aa47.16■■■■■ 5.14
CCDC88C-205ENST00000553403 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.89■■■■■ 5.1
CCDC88C-205ENST00000553403 SCRIBQ14160 1630 aa46.7■■■■■ 5.07
CCDC88C-205ENST00000553403 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP46.47■■■■■ 5.03
CCDC88C-205ENST00000553403 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.74■■■■■ 4.91
CCDC88C-205ENST00000553403 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.72■■■■■ 4.91
CCDC88C-205ENST00000553403 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP45.57■■■■■ 4.89
CCDC88C-205ENST00000553403 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.37■■■■■ 4.85
CCDC88C-205ENST00000553403 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.37■■■■■ 4.85
CCDC88C-205ENST00000553403 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.37■■■■■ 4.85
CCDC88C-205ENST00000553403 MROH2BQ7Z745 1585 aa45.19■■■■■ 4.82
CCDC88C-205ENST00000553403 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.11■■■■■ 4.81
CCDC88C-205ENST00000553403 WIZO95785 1651 aa44.83■■■■■ 4.77
CCDC88C-205ENST00000553403 SMARCA4P51532 1647 aa44.83■■■■■ 4.77
CCDC88C-205ENST00000553403 CHIC1Q5VXU3 224 aa44.81■■■■■ 4.76
CCDC88C-205ENST00000553403 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP44.41■■■■■ 4.7
CCDC88C-205ENST00000553403 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.29■■■■■ 4.68
CCDC88C-205ENST00000553403 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.28■■■■■ 4.68
CCDC88C-205ENST00000553403 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.24■■■■■ 4.67
CCDC88C-205ENST00000553403 SMARCA2P51531 1590 aa44■■■■■ 4.63
CCDC88C-205ENST00000553403 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.98■■■■■ 4.63
CCDC88C-205ENST00000553403 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.97■■■■■ 4.63
CCDC88C-205ENST00000553403 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.75■■■■■ 4.59
CCDC88C-205ENST00000553403 TRIM41Q8WV44 630 aa43.68■■■■■ 4.58
CCDC88C-205ENST00000553403 NCAPD3P42695 1498 aa43.53■■■■■ 4.56
CCDC88C-205ENST00000553403 HMGXB3Q12766 1538 aa43.5■■■■■ 4.55
CCDC88C-205ENST00000553403 ABCC8Q09428 1581 aa43.16■■■■■ 4.5
CCDC88C-205ENST00000553403 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa43.08■■■■■ 4.49
CCDC88C-205ENST00000553403 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP42.87■■■■■ 4.45
CCDC88C-205ENST00000553403 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP42.86■■■■■ 4.45
CCDC88C-205ENST00000553403 CFTRP13569 1480 aa42.7■■■■■ 4.43
CCDC88C-205ENST00000553403 SYNJ1O43426 1573 aa42.65■■■■■ 4.42
CCDC88C-205ENST00000553403 EEA1Q15075 1411 aa42.59■■■■■ 4.41
CCDC88C-205ENST00000553403 SOGA1O94964 1423 aa42.49■■■■■ 4.39
CCDC88C-205ENST00000553403 PRDM2Q13029 1718 aa42.49■■■■■ 4.39
CCDC88C-205ENST00000553403 TOP2BQ02880 1626 aa42.46■■■■■ 4.39
CCDC88C-205ENST00000553403 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.44■■■■■ 4.38
CCDC88C-205ENST00000553403 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.42■■■■■ 4.38
CCDC88C-205ENST00000553403 ERCC6Q03468 1493 aa42.34■■■■■ 4.37
CCDC88C-205ENST00000553403 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.29■■■■■ 4.36
CCDC88C-205ENST00000553403 CSRNP3Q8WYN3 585 aa42.27■■■■■ 4.36
CCDC88C-205ENST00000553403 CUX1P39880 1505 aa42.22■■■■■ 4.35
CCDC88C-205ENST00000553403 NESP48681 1621 aa42.2■■■■■ 4.35
CCDC88C-205ENST00000553403 EHMT2Q96KQ7 1210 aa42.18■■■■■ 4.34
CCDC88C-205ENST00000553403 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.03■■■■■ 4.32
CCDC88C-205ENST00000553403 GOLGA3Q08378 1498 aa41.99■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 TNIKQ9UKE5 1360 aa41.98■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 CUX2O14529 1486 aa41.98■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 KIF21BO75037 1637 aa41.97■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.96■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.95■■■■■ 4.31
CCDC88C-205ENST00000553403 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.84■■■■■ 4.29
CCDC88C-205ENST00000553403 CEP162Q5TB80 1403 aa41.76■■■■■ 4.28
CCDC88C-205ENST00000553403 KIF27Q86VH2 1401 aa41.76■■■■■ 4.28
CCDC88C-205ENST00000553403 UBTFP17480 764 aaKnown RBP41.74■■■■■ 4.27
CCDC88C-205ENST00000553403 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.69■■■■■ 4.26
CCDC88C-205ENST00000553403 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.68■■■■■ 4.26
CCDC88C-205ENST00000553403 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.67■■■■■ 4.26
CCDC88C-205ENST00000553403 PCGF6Q9BYE7 350 aa41.65■■■■■ 4.26
CCDC88C-205ENST00000553403 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.62■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 PRXQ9BXM0 1461 aa41.61■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.61■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa41.6■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP41.59■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 TOPBP1Q92547 1522 aa41.57■■■■■ 4.25
CCDC88C-205ENST00000553403 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.4■■■■■ 4.22
CCDC88C-205ENST00000553403 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.4■■■■■ 4.22
CCDC88C-205ENST00000553403 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.38■■■■■ 4.21
CCDC88C-205ENST00000553403 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.35■■■■■ 4.21
CCDC88C-205ENST00000553403 IGF1RP08069 1367 aa41.33■■■■■ 4.21
CCDC88C-205ENST00000553403 CLIP1P30622 1438 aa41.32■■■■■ 4.21
CCDC88C-205ENST00000553403 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.32■■■■■ 4.2
CCDC88C-205ENST00000553403 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.26■■■■■ 4.19
CCDC88C-205ENST00000553403 WDR62O43379 1518 aa41.21■■■■■ 4.19
CCDC88C-205ENST00000553403 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa41.14■■■■■ 4.18
CCDC88C-205ENST00000553403 WDR97A6NE52 1622 aa41.13■■■■■ 4.18
CCDC88C-205ENST00000553403 VPS8Q8N3P4 1428 aa41.05■■■■■ 4.16
CCDC88C-205ENST00000553403 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP40.97■■■■■ 4.15
CCDC88C-205ENST00000553403 CUL7Q14999 1698 aa40.96■■■■■ 4.15
CCDC88C-205ENST00000553403 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.95■■■■■ 4.15
CCDC88C-205ENST00000553403 HRCP23327 699 aa40.94■■■■■ 4.15
CCDC88C-205ENST00000553403 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.9■■■■■ 4.14
CCDC88C-205ENST00000553403 ARAP1Q96P48 1450 aa40.85■■■■■ 4.13
CCDC88C-205ENST00000553403 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP40.84■■■■■ 4.13
CCDC88C-205ENST00000553403 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.83■■■■■ 4.13
CCDC88C-205ENST00000553403 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.8■■■■■ 4.12
CCDC88C-205ENST00000553403 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa40.75■■■■■ 4.11
CCDC88C-205ENST00000553403 APLP2Q06481 763 aa40.65■■■■■ 4.1
CCDC88C-205ENST00000553403 IFT140Q96RY7 1462 aa40.64■■■■■ 4.1
CCDC88C-205ENST00000553403 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa40.55■■■■■ 4.08
CCDC88C-205ENST00000553403 PBRM1Q86U86 1689 aa40.54■■■■■ 4.08
CCDC88C-205ENST00000553403 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP40.52■■■■■ 4.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 51.8 ms