RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000262188.12

SMARCD3-201, Transcript of SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SMARCD3, Length 1,993 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCD3-201ENST00000262188 NISCHQ9Y2I1 1504 aa64.33■■■■■ 7.89
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SMARCD3-201ENST00000262188 ABCC9O60706 1549 aa54.49■■■■■ 6.31
SMARCD3-201ENST00000262188 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.83■■■■■ 6.21
SMARCD3-201ENST00000262188 DCAF8L2P0C7V8 631 aa53.61■■■■■ 6.17
SMARCD3-201ENST00000262188 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa53.06■■■■■ 6.08
SMARCD3-201ENST00000262188 NACADO15069 1562 aa52.83■■■■■ 6.05
SMARCD3-201ENST00000262188 MYO15BQ96JP2 1530 aa52.77■■■■■ 6.04
SMARCD3-201ENST00000262188 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.64■■■■■ 6.02
SMARCD3-201ENST00000262188 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa51.99■■■■■ 5.91
SMARCD3-201ENST00000262188 SCRIBQ14160 1630 aa51.97■■■■■ 5.91
SMARCD3-201ENST00000262188 UNC13AQ9UPW8 1703 aa51.64■■■■■ 5.86
SMARCD3-201ENST00000262188 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP51.24■■■■■ 5.79
SMARCD3-201ENST00000262188 BICRAQ9NZM4 1560 aa51.17■■■■■ 5.78
SMARCD3-201ENST00000262188 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.18■■■■■ 5.62
SMARCD3-201ENST00000262188 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.74■■■■■ 5.55
SMARCD3-201ENST00000262188 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP49.71■■■■■ 5.55
SMARCD3-201ENST00000262188 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.68■■■■■ 5.54
SMARCD3-201ENST00000262188 SMARCA4P51532 1647 aa49.67■■■■■ 5.54
SMARCD3-201ENST00000262188 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP49.57■■■■■ 5.53
SMARCD3-201ENST00000262188 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.48■■■■■ 5.51
SMARCD3-201ENST00000262188 WIZO95785 1651 aa49.29■■■■■ 5.48
SMARCD3-201ENST00000262188 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.22■■■■■ 5.47
SMARCD3-201ENST00000262188 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa49.11■■■■■ 5.45
SMARCD3-201ENST00000262188 DNAJC5BQ9UF47 199 aa49.03■■■■■ 5.44
SMARCD3-201ENST00000262188 PEG3Q9GZU2 1588 aa49.03■■■■■ 5.44
SMARCD3-201ENST00000262188 SMARCA2P51531 1590 aa48.98■■■■■ 5.43
SMARCD3-201ENST00000262188 NCAPD3P42695 1498 aa48.79■■■■■ 5.4
SMARCD3-201ENST00000262188 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP48.77■■■■■ 5.4
SMARCD3-201ENST00000262188 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.66■■■■■ 5.38
SMARCD3-201ENST00000262188 HMGXB3Q12766 1538 aa48.63■■■■■ 5.38
SMARCD3-201ENST00000262188 CCDC88BA6NC98 1476 aa48.2■■■■■ 5.31
SMARCD3-201ENST00000262188 NESP48681 1621 aa47.55■■■■■ 5.2
SMARCD3-201ENST00000262188 CADPSQ9ULU8 1353 aa47.51■■■■■ 5.2
SMARCD3-201ENST00000262188 CFTRP13569 1480 aa47.47■■■■■ 5.19
SMARCD3-201ENST00000262188 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.29■■■■■ 5.16
SMARCD3-201ENST00000262188 PRDM2Q13029 1718 aa47.11■■■■■ 5.13
SMARCD3-201ENST00000262188 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.01■■■■■ 5.12
SMARCD3-201ENST00000262188 PDS5BQ9NTI5 1447 aa46.95■■■■■ 5.11
SMARCD3-201ENST00000262188 ABCC8Q09428 1581 aa46.95■■■■■ 5.11
SMARCD3-201ENST00000262188 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.91■■■■■ 5.1
SMARCD3-201ENST00000262188 CEP164Q9UPV0 1460 aa46.8■■■■■ 5.08
SMARCD3-201ENST00000262188 CHIC1Q5VXU3 224 aa46.78■■■■■ 5.08
SMARCD3-201ENST00000262188 ERCC6Q03468 1493 aa46.75■■■■■ 5.07
SMARCD3-201ENST00000262188 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.66■■■■■ 5.06
SMARCD3-201ENST00000262188 SYNJ1O43426 1573 aa46.56■■■■■ 5.04
SMARCD3-201ENST00000262188 CUX1P39880 1505 aa46.56■■■■■ 5.04
SMARCD3-201ENST00000262188 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP46.52■■■■■ 5.04
SMARCD3-201ENST00000262188 TRIM41Q8WV44 630 aa46.5■■■■■ 5.03
SMARCD3-201ENST00000262188 MRC2Q9UBG0 1479 aa46.46■■■■■ 5.03
SMARCD3-201ENST00000262188 TOPBP1Q92547 1522 aa46.4■■■■■ 5.02
SMARCD3-201ENST00000262188 DNMBPQ6XZF7 1577 aa46.38■■■■■ 5.01
SMARCD3-201ENST00000262188 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP46.37■■■■■ 5.01
SMARCD3-201ENST00000262188 TOP2BQ02880 1626 aa46.37■■■■■ 5.01
SMARCD3-201ENST00000262188 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa46.33■■■■■ 5.01
SMARCD3-201ENST00000262188 WDR62O43379 1518 aa46.24■■■■■ 4.99
SMARCD3-201ENST00000262188 FGD5Q6ZNL6 1462 aa46.19■■■■■ 4.99
SMARCD3-201ENST00000262188 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP46.11■■■■■ 4.97
SMARCD3-201ENST00000262188 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa46.02■■■■■ 4.96
SMARCD3-201ENST00000262188 CUX2O14529 1486 aa45.94■■■■■ 4.95
SMARCD3-201ENST00000262188 SOGA1O94964 1423 aa45.93■■■■■ 4.94
SMARCD3-201ENST00000262188 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa45.78■■■■■ 4.92
SMARCD3-201ENST00000262188 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP45.78■■■■■ 4.92
SMARCD3-201ENST00000262188 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP45.77■■■■■ 4.92
SMARCD3-201ENST00000262188 IFT140Q96RY7 1462 aa45.7■■■■■ 4.91
SMARCD3-201ENST00000262188 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa45.69■■■■■ 4.91
SMARCD3-201ENST00000262188 WDR97A6NE52 1622 aa45.66■■■■■ 4.9
SMARCD3-201ENST00000262188 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP45.66■■■■■ 4.9
SMARCD3-201ENST00000262188 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP45.63■■■■■ 4.9
SMARCD3-201ENST00000262188 KIF27Q86VH2 1401 aa45.53■■■■■ 4.88
SMARCD3-201ENST00000262188 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP45.52■■■■■ 4.88
SMARCD3-201ENST00000262188 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa45.43■■■■■ 4.86
SMARCD3-201ENST00000262188 GAPVD1Q14C86 1478 aa45.4■■■■■ 4.86
SMARCD3-201ENST00000262188 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP45.39■■■■■ 4.86
SMARCD3-201ENST00000262188 EEA1Q15075 1411 aa45.33■■■■■ 4.85
SMARCD3-201ENST00000262188 CSRNP3Q8WYN3 585 aa45.32■■■■■ 4.85
SMARCD3-201ENST00000262188 IGF1RP08069 1367 aa45.28■■■■■ 4.84
SMARCD3-201ENST00000262188 EHMT2Q96KQ7 1210 aa45.27■■■■■ 4.84
SMARCD3-201ENST00000262188 PBRM1Q86U86 1689 aa45.22■■■■■ 4.83
SMARCD3-201ENST00000262188 GRIN2BQ13224 1484 aa45.17■■■■■ 4.82
SMARCD3-201ENST00000262188 ERICH3Q5RHP9 1530 aa45.12■■■■■ 4.81
SMARCD3-201ENST00000262188 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa45.06■■■■■ 4.8
SMARCD3-201ENST00000262188 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa45.06■■■■■ 4.8
SMARCD3-201ENST00000262188 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa45.02■■■■■ 4.8
SMARCD3-201ENST00000262188 PRXQ9BXM0 1461 aa44.99■■■■■ 4.79
SMARCD3-201ENST00000262188 CUL7Q14999 1698 aa44.93■■■■■ 4.78
SMARCD3-201ENST00000262188 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa44.93■■■■■ 4.78
SMARCD3-201ENST00000262188 ADAMTS12P58397 1594 aa44.92■■■■■ 4.78
SMARCD3-201ENST00000262188 KIF21BO75037 1637 aa44.88■■■■■ 4.77
SMARCD3-201ENST00000262188 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP44.87■■■■■ 4.77
SMARCD3-201ENST00000262188 FHAD1B1AJZ9 1412 aa44.86■■■■■ 4.77
SMARCD3-201ENST00000262188 FBLN2P98095 1184 aa44.82■■■■■ 4.76
SMARCD3-201ENST00000262188 GOLGA3Q08378 1498 aa44.77■■■■■ 4.76
SMARCD3-201ENST00000262188 SYNJ2O15056 1496 aa44.74■■■■■ 4.75
SMARCD3-201ENST00000262188 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP44.73■■■■■ 4.75
SMARCD3-201ENST00000262188 UBTFP17480 764 aaKnown RBP44.71■■■■■ 4.75
SMARCD3-201ENST00000262188 GRIN2AQ12879 1464 aa44.64■■■■■ 4.74
SMARCD3-201ENST00000262188 CHD1O14646 1710 aa44.61■■■■■ 4.73
SMARCD3-201ENST00000262188 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP44.44■■■■■ 4.7
SMARCD3-201ENST00000262188 CEP170Q5SW79 1584 aa44.44■■■■■ 4.7
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