Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLIP4Q8N3C7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLIP4Q8N3C7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLIP4Q8N3C7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP4Q8N3C7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP4Q8N3C7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms