Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 ATXN2L-210ENST00000562867 609 ntTSL 216.47■□□□□ 0.231e-8■■■■■ 52.5
SF3B4Q15427 CFB-272ENST00000452035 1866 ntTSL 213.75□□□□□ -0.217e-7■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 SKIV2L2-201ENST00000230640 4192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.53□□□□□ -1.23e-11■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 SKIV2L2-205ENST00000504997 500 ntTSL 45.43□□□□□ -1.543e-11■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 SKIV2L2-202ENST00000502953 557 ntTSL 44.64□□□□□ -1.673e-11■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 SKIV2L2-207ENST00000506750 3271 ntTSL 24.1□□□□□ -1.753e-11■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 SKIV2L2-206ENST00000505565 695 ntTSL 32.99□□□□□ -1.933e-11■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-215ENST00000589485 620 ntTSL 218.83■□□□□ 0.68e-14■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-207ENST00000587840 655 ntTSL 514.19□□□□□ -0.148e-14■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-206ENST00000587505 791 ntTSL 513.92□□□□□ -0.188e-14■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-214ENST00000589416 773 ntTSL 413.74□□□□□ -0.218e-14■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-218ENST00000590009 953 ntTSL 512.26□□□□□ -0.458e-14■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 ILF3-211ENST00000589052 637 ntTSL 58.45□□□□□ -1.067e-16■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 NPC1-202ENST00000540608 2790 ntTSL 211.79□□□□□ -0.524e-9■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 MAT2A-201ENST00000306434 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.98□□□□□ -0.974e-7■■■■■ 52.4
SF3B4Q15427 RANBP1-207ENST00000423859 832 ntTSL 316.6■□□□□ 0.251e-19■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 RANBP1-203ENST00000411892 584 ntTSL 213.38□□□□□ -0.271e-19■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 SHMT2-223ENST00000556689 768 ntTSL 311.64□□□□□ -0.555e-8■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 SHMT2-227ENST00000557269 576 ntTSL 511.43□□□□□ -0.585e-8■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 SHMT2-214ENST00000554604 879 ntTSL 511.29□□□□□ -0.65e-8■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 SMPD4-204ENST00000430682 820 ntTSL 311.27□□□□□ -0.616e-11■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-204ENST00000452926 537 ntTSL 412.02□□□□□ -0.497e-13■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-203ENST00000424468 593 ntTSL 47.29□□□□□ -1.247e-13■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-202ENST00000423022 556 ntTSL 35.39□□□□□ -1.557e-13■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-205ENST00000453627 724 ntTSL 34.5□□□□□ -1.697e-13■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 ANO9-202ENST00000524802 671 ntTSL 1 (best)13.19□□□□□ -0.31e-11■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 PCNT-205ENST00000480896 10485 ntTSL 1 (best)10.27□□□□□ -0.772e-7■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 PCNT-201ENST00000359568 10560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.013e-7■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.13e-7■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 DGAT1-203ENST00000524965 1336 ntTSL 511.99□□□□□ -0.492e-9■■■■■ 52.3
SF3B4Q15427 RBM39-215ENST00000442447 644 ntTSL 214.69□□□□□ -0.065e-7■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 RBM39-213ENST00000433027 611 ntTSL 513.82□□□□□ -0.25e-7■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 NCKIPSD-202ENST00000413374 725 ntTSL 39.22□□□□□ -0.934e-19■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 SLC38A2-203ENST00000547252 847 ntTSL 37.75□□□□□ -1.177e-9■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 MLX-208ENST00000590084 666 ntTSL 311.05□□□□□ -0.647e-14■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 MLX-210ENST00000591195 514 ntTSL 37.05□□□□□ -1.287e-14■■■■■ 52.2
SF3B4Q15427 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.415e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.35e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.25e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.295e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 RABEPK-205ENST00000416065 733 ntTSL 311.71□□□□□ -0.535e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 RABEPK-203ENST00000373544 2450 ntTSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.755e-17■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 TNRC6A-208ENST00000561726 543 ntTSL 42.99□□□□□ -1.933e-11■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 FLNA-217ENST00000498411 368 ntTSL 313.51□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 AKAP8L-206ENST00000595087 796 ntTSL 27.12□□□□□ -1.274e-10■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-206ENST00000583741 1465 ntTSL 518.62■□□□□ 0.574e-9■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.214e-9■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.24e-9■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.054e-9■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-205ENST00000582730 3117 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.323e-7■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SRSF1-204ENST00000581979 1720 ntTSL 1 (best)11□□□□□ -0.653e-7■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 SAFB-204ENST00000586934 995 ntTSL 516.94■□□□□ 0.31e-12■■■■■ 52.1
SF3B4Q15427 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.328e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-201ENST00000321356 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.28□□□□□ -1.088e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-215ENST00000621181 1843 ntTSL 1 (best) BASIC7.17□□□□□ -1.268e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-207ENST00000461981 3173 ntTSL 26.14□□□□□ -1.438e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-202ENST00000409403 1664 ntTSL 55.42□□□□□ -1.548e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-210ENST00000473565 3208 ntTSL 1 (best)5.31□□□□□ -1.568e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 CLK1-204ENST00000432425 1682 ntTSL 1 (best)3.48□□□□□ -1.858e-9■■■■■ 52
SF3B4Q15427 ANKRD11-205ENST00000562194 618 ntTSL 314.69□□□□□ -0.068e-8■■■■■ 52
SF3B4Q15427 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.646e-7■■■■■ 52
SF3B4Q15427 ADGRL1-201ENST00000340736 7853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.256e-7■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.261e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-205ENST00000475903 820 ntTSL 413.15□□□□□ -0.31e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-207ENST00000493467 2219 ntTSL 1 (best)9.13□□□□□ -0.951e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-208ENST00000545250 8310 ntTSL 5 BASIC9.07□□□□□ -0.961e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-201ENST00000298552 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.54□□□□□ -1.21e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-203ENST00000440111 8463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.5□□□□□ -1.211e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 TSC1-204ENST00000461879 492 ntTSL 35.59□□□□□ -1.511e-14■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.889e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.229e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.059e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.129e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-208ENST00000589050 1022 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.199e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-204ENST00000585953 2357 ntTSL 32.45□□□□□ -2.029e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 RPRD1A-210ENST00000591994 2484 ntTSL 22.35□□□□□ -2.039e-16■■■■■ 52
SF3B4Q15427 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 03e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-211ENST00000487729 803 ntTSL 514.71□□□□□ -0.053e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-208ENST00000481809 872 ntTSL 514.23□□□□□ -0.133e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-205ENST00000420518 588 ntTSL 314.17□□□□□ -0.143e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.163e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.173e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-203ENST00000372227 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.193e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-210ENST00000484318 971 ntTSL 513.77□□□□□ -0.213e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.263e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 SLC35C2-206ENST00000424568 731 ntTSL 212.28□□□□□ -0.443e-13■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.744e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.584e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.564e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.474e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.384e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-205ENST00000535140 638 ntTSL 316.86■□□□□ 0.294e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.254e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-201ENST00000301453 2493 ntTSL 215.58■□□□□ 0.084e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.14e-9■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 DCAF13-201ENST00000297579 2642 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.31e-11■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 DCAF13-206ENST00000521999 779 ntTSL 512.17□□□□□ -0.461e-11■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 DCAF13-209ENST00000616836 2639 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.471e-11■■■■■ 51.9
SF3B4Q15427 DCAF13-208ENST00000612750 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.24□□□□□ -0.931e-11■■■■■ 51.9
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3709.6 ms