Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC30.77■■■□□ 2.52not detected
SF3B4Q15427 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.28■■■□□ 2.44not detected
SF3B4Q15427 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41not detected
SF3B4Q15427 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39not detected
SF3B4Q15427 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.382e-6■■□□□ 11.7
SF3B4Q15427 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.361e-7■■■■□ 19.5
SF3B4Q15427 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.353e-18■■■■□ 21.6
SF3B4Q15427 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33not detected
SF3B4Q15427 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33not detected
SF3B4Q15427 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.322e-7■■■■□ 26.5
SF3B4Q15427 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22not detected
SF3B4Q15427 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.227e-11■■■□□ 16.9
SF3B4Q15427 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.223e-6■■■■■ 28.6
SF3B4Q15427 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21not detected
SF3B4Q15427 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.21e-10■■■■■ 41.9
SF3B4Q15427 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2not detected
SF3B4Q15427 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19not detected
SF3B4Q15427 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18not detected
SF3B4Q15427 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.182e-7■■■■□ 25.7
SF3B4Q15427 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17not detected
SF3B4Q15427 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.166e-7■■□□□ 13.3
SF3B4Q15427 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.156e-7■■□□□ 13.3
SF3B4Q15427 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15not detected
SF3B4Q15427 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.148e-7■■■■■ 32.7
SF3B4Q15427 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13not detected
SF3B4Q15427 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12not detected
SF3B4Q15427 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.122e-8■■■■□ 25.1
SF3B4Q15427 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12not detected
SF3B4Q15427 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11not detected
SF3B4Q15427 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1not detected
SF3B4Q15427 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09not detected
SF3B4Q15427 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09not detected
SF3B4Q15427 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08not detected
SF3B4Q15427 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06not detected
SF3B4Q15427 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06not detected
SF3B4Q15427 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06not detected
SF3B4Q15427 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06not detected
SF3B4Q15427 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05not detected
SF3B4Q15427 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.057e-8■■■■□ 24.1
SF3B4Q15427 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05not detected
SF3B4Q15427 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05not detected
SF3B4Q15427 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.045e-10■■■□□ 18.4
SF3B4Q15427 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.018e-6■□□□□ 8.7
SF3B4Q15427 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01not detected
SF3B4Q15427 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2not detected
SF3B4Q15427 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 22e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2not detected
SF3B4Q15427 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.984e-17■■■■□ 22.9
SF3B4Q15427 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.981e-6■□□□□ 9.8
SF3B4Q15427 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.973e-6■■■■□ 22.8
SF3B4Q15427 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.972e-13■■■■□ 21.3
SF3B4Q15427 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97not detected
SF3B4Q15427 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97not detected
SF3B4Q15427 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96not detected
SF3B4Q15427 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.963e-6■■■■□ 21.6
SF3B4Q15427 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.963e-10■■■□□ 17.9
SF3B4Q15427 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96not detected
SF3B4Q15427 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95not detected
SF3B4Q15427 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94not detected
SF3B4Q15427 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94not detected
SF3B4Q15427 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.943e-6■■■■□ 21.6
SF3B4Q15427 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93not detected
SF3B4Q15427 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.921e-6■■■□□ 16.5
SF3B4Q15427 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.925e-6■■■■□ 26.7
SF3B4Q15427 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91not detected
SF3B4Q15427 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.93e-6■■■■■ 28.8
SF3B4Q15427 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.94e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89not detected
SF3B4Q15427 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88not detected
SF3B4Q15427 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88not detected
SF3B4Q15427 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88not detected
SF3B4Q15427 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.888e-7■■■■■ 32.7
SF3B4Q15427 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87not detected
SF3B4Q15427 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.875e-8■■■■□ 23.9
SF3B4Q15427 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87not detected
SF3B4Q15427 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87not detected
SF3B4Q15427 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87not detected
SF3B4Q15427 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.864e-17■■■■□ 22.9
SF3B4Q15427 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86not detected
SF3B4Q15427 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.864e-11■■■■□ 23
SF3B4Q15427 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85not detected
SF3B4Q15427 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85not detected
SF3B4Q15427 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85not detected
SF3B4Q15427 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.852e-7■■■■□ 26.4
SF3B4Q15427 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.859e-13■■■■□ 21.1
SF3B4Q15427 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.855e-9■■■□□ 16.8
SF3B4Q15427 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.56■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.842e-10■■■■□ 25.2
SF3B4Q15427 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.84not detected
SF3B4Q15427 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83not detected
SF3B4Q15427 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83not detected
SF3B4Q15427 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83not detected
SF3B4Q15427 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83not detected
SF3B4Q15427 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82not detected
SF3B4Q15427 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82not detected
SF3B4Q15427 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82not detected
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 3083.5 ms