Protein–RNA interactions for Protein: P48431

SOX2, Transcription factor SOX-2, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX2P48431 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SOX2P48431 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SOX2P48431 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SOX2P48431 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SOX2P48431 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SOX2P48431 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SOX2P48431 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SOX2P48431 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SOX2P48431 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SOX2P48431 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SOX2P48431 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SOX2P48431 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SOX2P48431 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SOX2P48431 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SOX2P48431 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SOX2P48431 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SOX2P48431 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SOX2P48431 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SOX2P48431 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SOX2P48431 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SOX2P48431 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SOX2P48431 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SOX2P48431 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SOX2P48431 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SOX2P48431 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SOX2P48431 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SOX2P48431 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SOX2P48431 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SOX2P48431 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SOX2P48431 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SOX2P48431 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SOX2P48431 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SOX2P48431 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SOX2P48431 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SOX2P48431 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SOX2P48431 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SOX2P48431 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SOX2P48431 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SOX2P48431 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SOX2P48431 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SOX2P48431 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SOX2P48431 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SOX2P48431 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SOX2P48431 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SOX2P48431 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SOX2P48431 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SOX2P48431 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SOX2P48431 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SOX2P48431 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SOX2P48431 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SOX2P48431 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SOX2P48431 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX2P48431 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX2P48431 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX2P48431 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX2P48431 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX2P48431 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX2P48431 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX2P48431 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX2P48431 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX2P48431 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
SOX2P48431 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SOX2P48431 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SOX2P48431 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX2P48431 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX2P48431 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX2P48431 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX2P48431 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX2P48431 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX2P48431 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX2P48431 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SOX2P48431 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SOX2P48431 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SOX2P48431 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SOX2P48431 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SOX2P48431 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX2P48431 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX2P48431 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX2P48431 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX2P48431 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX2P48431 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX2P48431 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX2P48431 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX2P48431 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX2P48431 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX2P48431 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX2P48431 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SOX2P48431 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SOX2P48431 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SOX2P48431 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SOX2P48431 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SOX2P48431 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SOX2P48431 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SOX2P48431 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms