Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
ERCC4Q92889 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
ERCC4Q92889 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
ERCC4Q92889 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
ERCC4Q92889 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
ERCC4Q92889 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.57■■■□□ 2.49
ERCC4Q92889 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.48
ERCC4Q92889 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC30.48■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
ERCC4Q92889 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
ERCC4Q92889 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.38■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
ERCC4Q92889 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
ERCC4Q92889 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
ERCC4Q92889 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
ERCC4Q92889 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms