Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SIX2Q9NPC8 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SIX2Q9NPC8 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
SIX2Q9NPC8 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SIX2Q9NPC8 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SIX2Q9NPC8 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SIX2Q9NPC8 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SIX2Q9NPC8 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms