Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC40Q4G0X9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC40Q4G0X9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC40Q4G0X9 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC40Q4G0X9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC40Q4G0X9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.5 ms