Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMA1Q9UHB6 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
LIMA1Q9UHB6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIMA1Q9UHB6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIMA1Q9UHB6 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
LIMA1Q9UHB6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
LIMA1Q9UHB6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
LIMA1Q9UHB6 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
LIMA1Q9UHB6 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIMA1Q9UHB6 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms