Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP49Q70CQ1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
USP49Q70CQ1 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
USP49Q70CQ1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP49Q70CQ1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP49Q70CQ1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP49Q70CQ1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
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