Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
LIG1P18858 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
LIG1P18858 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
LIG1P18858 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
LIG1P18858 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
LIG1P18858 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
LIG1P18858 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
LIG1P18858 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
LIG1P18858 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
LIG1P18858 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
LIG1P18858 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
LIG1P18858 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
LIG1P18858 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
LIG1P18858 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
LIG1P18858 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
LIG1P18858 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
LIG1P18858 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
LIG1P18858 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
LIG1P18858 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
LIG1P18858 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
LIG1P18858 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
LIG1P18858 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
LIG1P18858 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
LIG1P18858 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
LIG1P18858 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
LIG1P18858 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
LIG1P18858 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
LIG1P18858 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
LIG1P18858 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
LIG1P18858 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
LIG1P18858 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
LIG1P18858 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
LIG1P18858 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
LIG1P18858 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
LIG1P18858 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
LIG1P18858 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
LIG1P18858 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIG1P18858 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIG1P18858 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIG1P18858 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
LIG1P18858 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIG1P18858 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIG1P18858 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIG1P18858 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
LIG1P18858 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
LIG1P18858 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
LIG1P18858 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
LIG1P18858 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
LIG1P18858 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
LIG1P18858 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
LIG1P18858 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
LIG1P18858 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
LIG1P18858 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
LIG1P18858 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
LIG1P18858 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
LIG1P18858 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
LIG1P18858 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIG1P18858 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIG1P18858 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
LIG1P18858 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIG1P18858 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIG1P18858 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
LIG1P18858 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
LIG1P18858 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.84■■■□□ 2.53
LIG1P18858 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIG1P18858 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIG1P18858 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
LIG1P18858 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
LIG1P18858 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
LIG1P18858 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
LIG1P18858 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
LIG1P18858 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIG1P18858 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIG1P18858 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
LIG1P18858 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
LIG1P18858 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
LIG1P18858 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.76■■■□□ 2.51
LIG1P18858 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
LIG1P18858 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
LIG1P18858 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
LIG1P18858 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
LIG1P18858 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
LIG1P18858 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
LIG1P18858 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
LIG1P18858 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
LIG1P18858 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
LIG1P18858 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
LIG1P18858 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
LIG1P18858 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
LIG1P18858 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
LIG1P18858 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC30.68■■■□□ 2.5
LIG1P18858 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC30.68■■■□□ 2.5
LIG1P18858 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIG1P18858 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIG1P18858 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIG1P18858 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
LIG1P18858 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIG1P18858 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
LIG1P18858 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
LIG1P18858 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms