Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3P4

RHBDD3, Rhomboid domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDD3Q9Y3P4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
RHBDD3Q9Y3P4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RHBDD3Q9Y3P4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RHBDD3Q9Y3P4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
RHBDD3Q9Y3P4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RHBDD3Q9Y3P4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RHBDD3Q9Y3P4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RHBDD3Q9Y3P4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms