Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTX4Q96A99 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTX4Q96A99 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
PTX4Q96A99 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTX4Q96A99 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTX4Q96A99 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
PTX4Q96A99 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.2 ms