Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.261e-11■■■■■ 45
SF3B4Q15427 LBHD1-203ENST00000415855 821 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.15□□□□□ -0.461e-11■■■■■ 45
SF3B4Q15427 LBHD1-204ENST00000431002 2915 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.521e-11■■■■■ 45
SF3B4Q15427 MKNK2-204ENST00000586620 1135 ntTSL 215.97■□□□□ 0.153e-8■■■■■ 45
SF3B4Q15427 UROS-208ENST00000465577 721 ntTSL 511.98□□□□□ -0.493e-7■■■■■ 45
SF3B4Q15427 UROS-207ENST00000464267 1038 ntTSL 311.98□□□□□ -0.493e-7■■■■■ 45
SF3B4Q15427 UROS-212ENST00000622016 563 ntTSL 57.12□□□□□ -1.273e-7■■■■■ 45
SF3B4Q15427 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.666e-8■■■■■ 45
SF3B4Q15427 ZDHHC7-202ENST00000344861 2727 ntTSL 1 (best)16.83■□□□□ 0.286e-8■■■■■ 45
SF3B4Q15427 ZDHHC7-201ENST00000313732 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.346e-8■■■■■ 45
SF3B4Q15427 ZDHHC7-208ENST00000569488 620 ntTSL 312.52□□□□□ -0.416e-8■■■■■ 45
SF3B4Q15427 GTF2H4-206ENST00000487746 1126 ntTSL 510.46□□□□□ -0.731e-9■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-207ENST00000510105 2409 ntTSL 514.73□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-204ENST00000457823 4649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.83□□□□□ -0.681e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-203ENST00000394961 3778 ntTSL 25.8□□□□□ -1.481e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-205ENST00000506089 554 ntTSL 43.5□□□□□ -1.851e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-201ENST00000354268 4912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.52□□□□□ -2.011e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-206ENST00000509418 2348 ntTSL 2 BASIC2.42□□□□□ -2.021e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SMARCAD1-202ENST00000359052 5017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best)1.59□□□□□ -2.161e-6■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SPG7-222ENST00000569820 2305 ntTSL 511.94□□□□□ -0.58e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 SLC25A10-208ENST00000574884 726 ntTSL 513.31□□□□□ -0.288e-8■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.48e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.028e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PSMD6-206ENST00000476464 2052 ntTSL 214.78□□□□□ -0.048e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PSMD6-209ENST00000482510 1176 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.558e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PSMD6-202ENST00000394431 1349 ntTSL 1 (best) BASIC4.52□□□□□ -1.698e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 TULP4-201ENST00000367094 5170 ntTSL 1 (best) BASIC9.65□□□□□ -0.871e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 TULP4-202ENST00000367097 11295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.111e-7■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PIDD1-209ENST00000531286 1937 ntTSL 217.37■□□□□ 0.375e-10■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 PIDD1-206ENST00000527812 481 ntTSL 314.95□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 RTKN-210ENST00000492013 853 ntTSL 211.04□□□□□ -0.642e-9■■■■■ 44.9
SF3B4Q15427 LARP4B-206ENST00000469487 859 ntTSL 211.37□□□□□ -0.592e-9■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 LARP4B-209ENST00000608970 656 ntTSL 210.72□□□□□ -0.692e-9■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 LARP4B-204ENST00000440895 656 ntTSL 210.72□□□□□ -0.692e-9■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -07e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-212ENST00000452250 2625 ntTSL 214.93□□□□□ -0.027e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-229ENST00000540643 4226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.267e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-208ENST00000432498 4162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.357e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-202ENST00000382162 5250 ntTSL 212.34□□□□□ -0.437e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-203ENST00000400288 4002 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.577e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 SFI1-204ENST00000400289 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.667e-7■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PCBP2-225ENST00000553064 1786 ntTSL 512.13□□□□□ -0.476e-11■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PCBP2-210ENST00000547859 1919 ntTSL 210.94□□□□□ -0.666e-11■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 MCM7-204ENST00000425308 1497 ntTSL 325.38■■□□□ 1.652e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-215ENST00000588702 622 ntTSL 217.15■□□□□ 0.342e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-216ENST00000589017 1116 ntTSL 316.96■□□□□ 0.312e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-207ENST00000585608 848 ntTSL 316.41■□□□□ 0.222e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.044e-26■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-206ENST00000585460 680 ntTSL 214.94□□□□□ -0.022e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-205ENST00000585427 557 ntTSL 413.11□□□□□ -0.312e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-203ENST00000392711 4327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.41□□□□□ -0.422e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-217ENST00000589228 4256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.612e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 MCM7-205ENST00000463722 1327 ntTSL 510.53□□□□□ -0.722e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-201ENST00000358598 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.82e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-219ENST00000589480 549 ntTSL 29.2□□□□□ -0.942e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-211ENST00000586397 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.82□□□□□ -1.162e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-208ENST00000585815 553 ntTSL 57.68□□□□□ -1.182e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-214ENST00000588188 1209 ntTSL 3 BASIC7.65□□□□□ -1.182e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-210ENST00000585981 995 ntTSL 57.53□□□□□ -1.22e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-204ENST00000536854 3697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.19□□□□□ -1.422e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-202ENST00000392710 3551 ntTSL 26.1□□□□□ -1.432e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 NCL-210ENST00000494618 910 ntTSL 25.32□□□□□ -1.562e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 PRKAR1A-213ENST00000588178 583 ntTSL 44.57□□□□□ -1.682e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 N4BP2L2-215ENST00000512755 1273 ntTSL 23.42□□□□□ -1.862e-13■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 ZGPAT-211ENST00000484569 749 ntTSL 216.43■□□□□ 0.224e-25■■■■■ 44.8
SF3B4Q15427 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.811e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.071e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-205ENST00000379104 2569 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.711e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-204ENST00000379100 2563 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.721e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-207ENST00000401867 3349 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.27□□□□□ -0.771e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-203ENST00000379086 2223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.51□□□□□ -0.891e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 P4HA2-216ENST00000467587 456 ntTSL 26.07□□□□□ -1.441e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 TIMM50-211ENST00000598125 577 ntTSL 317.22■□□□□ 0.354e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 TIMM50-204ENST00000595286 698 ntTSL 216.2■□□□□ 0.184e-9■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 KIFC3-213ENST00000563028 681 ntTSL 421.32■■□□□ 13e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 KIFC3-218ENST00000564891 424 ntTSL 521.32■■□□□ 13e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 KIFC3-227ENST00000566914 724 ntTSL 320.19■□□□□ 0.823e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 KIFC3-229ENST00000567059 509 ntTSL 315.43■□□□□ 0.063e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 KIFC3-225ENST00000565871 461 ntTSL 413.43□□□□□ -0.263e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 GDPD5-212ENST00000531759 2633 ntTSL 511.51□□□□□ -0.573e-13■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 SRRM2-213ENST00000573311 732 ntTSL 213.57□□□□□ -0.242e-18■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 MXD3-207ENST00000509339 579 ntTSL 322.1■■□□□ 1.138e-8■■■■■ 44.7
SF3B4Q15427 CSNK1D-223ENST00000584472 586 ntTSL 414.4□□□□□ -0.14e-13■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 CSNK1D-212ENST00000580061 578 ntTSL 314.22□□□□□ -0.134e-13■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 CSNK1D-211ENST00000579316 692 ntTSL 212.73□□□□□ -0.374e-13■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 CSNK1D-226ENST00000585026 563 ntTSL 59.92□□□□□ -0.824e-13■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.68e-9■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 PPP2R5A-205ENST00000537030 1719 ntTSL 2 BASIC2.27□□□□□ -2.058e-9■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 PIEZO1-214ENST00000521877 686 ntTSL 215.96■□□□□ 0.154e-8■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 HNRNPH1-206ENST00000502904 2913 ntTSL 210.47□□□□□ -0.732e-11■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 HNRNPH1-227ENST00000515481 5564 ntTSL 25.74□□□□□ -1.492e-11■■■■■ 44.6
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.11e-6■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-212ENST00000568180 573 ntTSL 515.39■□□□□ 0.051e-10■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-210ENST00000566150 568 ntTSL 315.13■□□□□ 0.011e-10■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 LMBR1-206ENST00000430825 1208 ntTSL 515.51■□□□□ 0.076e-10■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 LMBR1-201ENST00000353442 7997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.356e-10■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 RPL23-207ENST00000577407 615 ntTSL 2 BASIC10.93□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 RPL23-203ENST00000394332 625 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.93□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 RPL23-204ENST00000394333 444 ntTSL 2 BASIC10.39□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 44.5
SF3B4Q15427 RPL23-211ENST00000584912 2779 ntTSL 1 (best)9.4□□□□□ -0.912e-6■■■■■ 44.5
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 4648.8 ms