Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PTX4Q96A99 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PTX4Q96A99 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
PTX4Q96A99 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTX4Q96A99 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTX4Q96A99 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTX4Q96A99 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTX4Q96A99 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTX4Q96A99 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PTX4Q96A99 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
PTX4Q96A99 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTX4Q96A99 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTX4Q96A99 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTX4Q96A99 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTX4Q96A99 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTX4Q96A99 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTX4Q96A99 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
PTX4Q96A99 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTX4Q96A99 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PTX4Q96A99 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PTX4Q96A99 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PTX4Q96A99 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PTX4Q96A99 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTX4Q96A99 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms