RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 NISCHQ9Y2I1 1504 aa70.69■■■■■ 8.91
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa62.61■■■■■ 7.61
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC9O60706 1549 aa60.43■■■■■ 7.26
LIMCH1-211ENST00000509638 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP59.11■■■■■ 7.05
LIMCH1-211ENST00000509638 DCAF8L2P0C7V8 631 aa58.63■■■■■ 6.98
LIMCH1-211ENST00000509638 NACADO15069 1562 aa58.58■■■■■ 6.97
LIMCH1-211ENST00000509638 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa58.52■■■■■ 6.96
LIMCH1-211ENST00000509638 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa58.49■■■■■ 6.95
LIMCH1-211ENST00000509638 MYO15BQ96JP2 1530 aa58.46■■■■■ 6.95
LIMCH1-211ENST00000509638 UNC13AQ9UPW8 1703 aa57.32■■■■■ 6.77
LIMCH1-211ENST00000509638 SCRIBQ14160 1630 aa57.22■■■■■ 6.75
LIMCH1-211ENST00000509638 BICRAQ9NZM4 1560 aa56.71■■■■■ 6.67
LIMCH1-211ENST00000509638 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP56.51■■■■■ 6.64
LIMCH1-211ENST00000509638 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa56.34■■■■■ 6.61
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP55.15■■■■■ 6.42
LIMCH1-211ENST00000509638 CECR2Q9BXF3 1484 aa54.99■■■■■ 6.39
LIMCH1-211ENST00000509638 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP54.77■■■■■ 6.36
LIMCH1-211ENST00000509638 SMARCA4P51532 1647 aa54.76■■■■■ 6.36
LIMCH1-211ENST00000509638 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa54.73■■■■■ 6.35
LIMCH1-211ENST00000509638 DNAJC5BQ9UF47 199 aa54.62■■■■■ 6.33
LIMCH1-211ENST00000509638 MROH2BQ7Z745 1585 aa54.52■■■■■ 6.32
LIMCH1-211ENST00000509638 SMARCA2P51531 1590 aa54.19■■■■■ 6.27
LIMCH1-211ENST00000509638 PEG3Q9GZU2 1588 aa54.18■■■■■ 6.26
LIMCH1-211ENST00000509638 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa54.18■■■■■ 6.26
LIMCH1-211ENST00000509638 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP54.13■■■■■ 6.26
LIMCH1-211ENST00000509638 WIZO95785 1651 aa54.04■■■■■ 6.24
LIMCH1-211ENST00000509638 NCAPD3P42695 1498 aa53.98■■■■■ 6.23
LIMCH1-211ENST00000509638 HMGXB3Q12766 1538 aa53.9■■■■■ 6.22
LIMCH1-211ENST00000509638 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP53.82■■■■■ 6.21
LIMCH1-211ENST00000509638 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP53.48■■■■■ 6.15
LIMCH1-211ENST00000509638 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP53.32■■■■■ 6.13
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC88BA6NC98 1476 aa52.78■■■■■ 6.04
LIMCH1-211ENST00000509638 NESP48681 1621 aa52.54■■■■■ 6
LIMCH1-211ENST00000509638 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa52.52■■■■■ 6
LIMCH1-211ENST00000509638 CADPSQ9ULU8 1353 aa52.45■■■■■ 5.99
LIMCH1-211ENST00000509638 CFTRP13569 1480 aa52.35■■■■■ 5.97
LIMCH1-211ENST00000509638 PRDM2Q13029 1718 aa52.22■■■■■ 5.95
LIMCH1-211ENST00000509638 PDS5BQ9NTI5 1447 aa52.06■■■■■ 5.93
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa52.05■■■■■ 5.92
LIMCH1-211ENST00000509638 ERCC6Q03468 1493 aa52.03■■■■■ 5.92
LIMCH1-211ENST00000509638 FANCD2Q9BXW9 1451 aa51.92■■■■■ 5.9
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP164Q9UPV0 1460 aa51.8■■■■■ 5.88
LIMCH1-211ENST00000509638 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP51.65■■■■■ 5.86
LIMCH1-211ENST00000509638 MRC2Q9UBG0 1479 aa51.54■■■■■ 5.84
LIMCH1-211ENST00000509638 WDR62O43379 1518 aa51.39■■■■■ 5.82
LIMCH1-211ENST00000509638 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP51.37■■■■■ 5.81
LIMCH1-211ENST00000509638 DNMBPQ6XZF7 1577 aa51.23■■■■■ 5.79
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC8Q09428 1581 aa51.19■■■■■ 5.79
LIMCH1-211ENST00000509638 TOPBP1Q92547 1522 aa51.19■■■■■ 5.79
LIMCH1-211ENST00000509638 CUX2O14529 1486 aa51.16■■■■■ 5.78
LIMCH1-211ENST00000509638 CUX1P39880 1505 aa51.12■■■■■ 5.77
LIMCH1-211ENST00000509638 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP51.03■■■■■ 5.76
LIMCH1-211ENST00000509638 SYNJ1O43426 1573 aa50.97■■■■■ 5.75
LIMCH1-211ENST00000509638 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa50.93■■■■■ 5.74
LIMCH1-211ENST00000509638 TOP2BQ02880 1626 aa50.91■■■■■ 5.74
LIMCH1-211ENST00000509638 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP50.82■■■■■ 5.73
LIMCH1-211ENST00000509638 FGD5Q6ZNL6 1462 aa50.82■■■■■ 5.73
LIMCH1-211ENST00000509638 IFT140Q96RY7 1462 aa50.64■■■■■ 5.7
LIMCH1-211ENST00000509638 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP50.61■■■■■ 5.69
LIMCH1-211ENST00000509638 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa50.56■■■■■ 5.69
LIMCH1-211ENST00000509638 SOGA1O94964 1423 aa50.54■■■■■ 5.68
LIMCH1-211ENST00000509638 WDR97A6NE52 1622 aa50.46■■■■■ 5.67
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP50.38■■■■■ 5.66
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa50.33■■■■■ 5.65
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP50.32■■■■■ 5.65
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM41Q8WV44 630 aa50.29■■■■■ 5.64
LIMCH1-211ENST00000509638 CHIC1Q5VXU3 224 aa50.18■■■■■ 5.62
LIMCH1-211ENST00000509638 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP50.17■■■■■ 5.62
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa50.15■■■■■ 5.62
LIMCH1-211ENST00000509638 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP50.15■■■■■ 5.62
LIMCH1-211ENST00000509638 GAPVD1Q14C86 1478 aa50.02■■■■■ 5.6
LIMCH1-211ENST00000509638 PBRM1Q86U86 1689 aa50.02■■■■■ 5.6
LIMCH1-211ENST00000509638 GRIN2BQ13224 1484 aa49.9■■■■■ 5.58
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF27Q86VH2 1401 aa49.89■■■■■ 5.58
LIMCH1-211ENST00000509638 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa49.77■■■■■ 5.56
LIMCH1-211ENST00000509638 ERICH3Q5RHP9 1530 aa49.76■■■■■ 5.56
LIMCH1-211ENST00000509638 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP49.71■■■■■ 5.55
LIMCH1-211ENST00000509638 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa49.71■■■■■ 5.55
LIMCH1-211ENST00000509638 ADAMTS12P58397 1594 aa49.62■■■■■ 5.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CHD1O14646 1710 aa49.55■■■■■ 5.52
LIMCH1-211ENST00000509638 CUL7Q14999 1698 aa49.53■■■■■ 5.52
LIMCH1-211ENST00000509638 IGF1RP08069 1367 aa49.53■■■■■ 5.52
LIMCH1-211ENST00000509638 SYNJ2O15056 1496 aa49.5■■■■■ 5.51
LIMCH1-211ENST00000509638 FHAD1B1AJZ9 1412 aa49.45■■■■■ 5.51
LIMCH1-211ENST00000509638 EEA1Q15075 1411 aa49.45■■■■■ 5.51
LIMCH1-211ENST00000509638 FBLN2P98095 1184 aa49.36■■■■■ 5.49
LIMCH1-211ENST00000509638 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP49.32■■■■■ 5.49
LIMCH1-211ENST00000509638 GRIN2AQ12879 1464 aa49.3■■■■■ 5.48
LIMCH1-211ENST00000509638 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa49.27■■■■■ 5.48
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP49.27■■■■■ 5.48
LIMCH1-211ENST00000509638 CSRNP3Q8WYN3 585 aa49.19■■■■■ 5.46
LIMCH1-211ENST00000509638 PRXQ9BXM0 1461 aa49.14■■■■■ 5.46
LIMCH1-211ENST00000509638 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa49.12■■■■■ 5.45
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP170Q5SW79 1584 aa49.06■■■■■ 5.44
LIMCH1-211ENST00000509638 OSCARQ8IYS5 282 aa49.06■■■■■ 5.44
LIMCH1-211ENST00000509638 NUP160Q12769 1436 aa49.01■■■■■ 5.44
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF21BO75037 1637 aa48.98■■■■■ 5.43
LIMCH1-211ENST00000509638 CLASP1Q7Z460 1538 aa48.95■■■■■ 5.43
LIMCH1-211ENST00000509638 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa48.78■■■■■ 5.4
LIMCH1-211ENST00000509638 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa48.71■■■■■ 5.39
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