RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000258781.10

CCM2-201, Transcript of CCM2 scaffold protein, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CCM2, Length 1,894 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCM2-201ENST00000258781 NISCHQ9Y2I1 1504 aa62.46■■■■■ 7.59
CCM2-201ENST00000258781 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa54.73■■■■■ 6.35
CCM2-201ENST00000258781 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP52.4■■■■■ 5.98
CCM2-201ENST00000258781 ABCC9O60706 1549 aa52.17■■■■■ 5.94
CCM2-201ENST00000258781 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.65■■■■■ 5.86
CCM2-201ENST00000258781 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa51.62■■■■■ 5.85
CCM2-201ENST00000258781 MYO15BQ96JP2 1530 aa51.18■■■■■ 5.78
CCM2-201ENST00000258781 NACADO15069 1562 aa51.03■■■■■ 5.76
CCM2-201ENST00000258781 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa50.72■■■■■ 5.71
CCM2-201ENST00000258781 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa50.61■■■■■ 5.69
CCM2-201ENST00000258781 SCRIBQ14160 1630 aa50.28■■■■■ 5.64
CCM2-201ENST00000258781 UNC13AQ9UPW8 1703 aa49.84■■■■■ 5.57
CCM2-201ENST00000258781 BICRAQ9NZM4 1560 aa49.28■■■■■ 5.48
CCM2-201ENST00000258781 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP49.06■■■■■ 5.44
CCM2-201ENST00000258781 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP48.83■■■■■ 5.41
CCM2-201ENST00000258781 CECR2Q9BXF3 1484 aa48.61■■■■■ 5.37
CCM2-201ENST00000258781 MROH2BQ7Z745 1585 aa48.27■■■■■ 5.32
CCM2-201ENST00000258781 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP48.26■■■■■ 5.32
CCM2-201ENST00000258781 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP48.25■■■■■ 5.32
CCM2-201ENST00000258781 SMARCA4P51532 1647 aa48.16■■■■■ 5.3
CCM2-201ENST00000258781 WIZO95785 1651 aa47.88■■■■■ 5.26
CCM2-201ENST00000258781 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP47.81■■■■■ 5.24
CCM2-201ENST00000258781 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.58■■■■■ 5.21
CCM2-201ENST00000258781 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.44■■■■■ 5.19
CCM2-201ENST00000258781 SMARCA2P51531 1590 aa47.39■■■■■ 5.18
CCM2-201ENST00000258781 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP47.32■■■■■ 5.17
CCM2-201ENST00000258781 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa47.23■■■■■ 5.15
CCM2-201ENST00000258781 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP47.14■■■■■ 5.14
CCM2-201ENST00000258781 NCAPD3P42695 1498 aa47.09■■■■■ 5.13
CCM2-201ENST00000258781 CHIC1Q5VXU3 224 aa47.06■■■■■ 5.12
CCM2-201ENST00000258781 HMGXB3Q12766 1538 aa47.03■■■■■ 5.12
CCM2-201ENST00000258781 CCDC88BA6NC98 1476 aa46.82■■■■■ 5.09
CCM2-201ENST00000258781 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.46■■■■■ 5.03
CCM2-201ENST00000258781 CFTRP13569 1480 aa45.94■■■■■ 4.94
CCM2-201ENST00000258781 TRIM41Q8WV44 630 aa45.9■■■■■ 4.94
CCM2-201ENST00000258781 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.84■■■■■ 4.93
CCM2-201ENST00000258781 PRDM2Q13029 1718 aa45.77■■■■■ 4.92
CCM2-201ENST00000258781 ABCC8Q09428 1581 aa45.74■■■■■ 4.91
CCM2-201ENST00000258781 NESP48681 1621 aa45.69■■■■■ 4.9
CCM2-201ENST00000258781 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa45.6■■■■■ 4.89
CCM2-201ENST00000258781 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP45.42■■■■■ 4.86
CCM2-201ENST00000258781 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.36■■■■■ 4.85
CCM2-201ENST00000258781 SYNJ1O43426 1573 aa45.34■■■■■ 4.85
CCM2-201ENST00000258781 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa45.22■■■■■ 4.83
CCM2-201ENST00000258781 PDS5BQ9NTI5 1447 aa45.2■■■■■ 4.83
CCM2-201ENST00000258781 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa45.18■■■■■ 4.82
CCM2-201ENST00000258781 CUX1P39880 1505 aa45.17■■■■■ 4.82
CCM2-201ENST00000258781 TOP2BQ02880 1626 aa45.16■■■■■ 4.82
CCM2-201ENST00000258781 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa45.14■■■■■ 4.82
CCM2-201ENST00000258781 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.12■■■■■ 4.81
CCM2-201ENST00000258781 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP45.03■■■■■ 4.8
CCM2-201ENST00000258781 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.89■■■■■ 4.78
CCM2-201ENST00000258781 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.86■■■■■ 4.77
CCM2-201ENST00000258781 TOPBP1Q92547 1522 aa44.83■■■■■ 4.77
CCM2-201ENST00000258781 EEA1Q15075 1411 aa44.8■■■■■ 4.76
CCM2-201ENST00000258781 SOGA1O94964 1423 aa44.74■■■■■ 4.75
CCM2-201ENST00000258781 ERCC6Q03468 1493 aa44.73■■■■■ 4.75
CCM2-201ENST00000258781 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.73■■■■■ 4.75
CCM2-201ENST00000258781 MRC2Q9UBG0 1479 aa44.69■■■■■ 4.74
CCM2-201ENST00000258781 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa44.63■■■■■ 4.73
CCM2-201ENST00000258781 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.6■■■■■ 4.73
CCM2-201ENST00000258781 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP44.54■■■■■ 4.72
CCM2-201ENST00000258781 WDR62O43379 1518 aa44.52■■■■■ 4.72
CCM2-201ENST00000258781 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa44.44■■■■■ 4.71
CCM2-201ENST00000258781 CSRNP3Q8WYN3 585 aa44.42■■■■■ 4.7
CCM2-201ENST00000258781 EHMT2Q96KQ7 1210 aa44.34■■■■■ 4.69
CCM2-201ENST00000258781 CUX2O14529 1486 aa44.32■■■■■ 4.69
CCM2-201ENST00000258781 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa44.31■■■■■ 4.68
CCM2-201ENST00000258781 WDR97A6NE52 1622 aa44.31■■■■■ 4.68
CCM2-201ENST00000258781 KIF27Q86VH2 1401 aa44.28■■■■■ 4.68
CCM2-201ENST00000258781 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.25■■■■■ 4.67
CCM2-201ENST00000258781 KIF21BO75037 1637 aa44.22■■■■■ 4.67
CCM2-201ENST00000258781 GOLGA3Q08378 1498 aa44.18■■■■■ 4.66
CCM2-201ENST00000258781 TNIKQ9UKE5 1360 aa44.13■■■■■ 4.65
CCM2-201ENST00000258781 IFT140Q96RY7 1462 aa44.05■■■■■ 4.64
CCM2-201ENST00000258781 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa44.04■■■■■ 4.64
CCM2-201ENST00000258781 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP44.02■■■■■ 4.64
CCM2-201ENST00000258781 IGF1RP08069 1367 aa43.96■■■■■ 4.63
CCM2-201ENST00000258781 CEP162Q5TB80 1403 aa43.92■■■■■ 4.62
CCM2-201ENST00000258781 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.91■■■■■ 4.62
CCM2-201ENST00000258781 PRXQ9BXM0 1461 aa43.91■■■■■ 4.62
CCM2-201ENST00000258781 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP43.91■■■■■ 4.62
CCM2-201ENST00000258781 UBTFP17480 764 aaKnown RBP43.87■■■■■ 4.61
CCM2-201ENST00000258781 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa43.86■■■■■ 4.61
CCM2-201ENST00000258781 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.84■■■■■ 4.617e-7■■■■■ 33.7
CCM2-201ENST00000258781 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.83■■■■■ 4.61
CCM2-201ENST00000258781 PBRM1Q86U86 1689 aa43.79■■■■■ 4.6
CCM2-201ENST00000258781 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.77■■■■■ 4.6
CCM2-201ENST00000258781 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa43.72■■■■■ 4.59
CCM2-201ENST00000258781 CUL7Q14999 1698 aa43.71■■■■■ 4.59
CCM2-201ENST00000258781 PCGF6Q9BYE7 350 aa43.68■■■■■ 4.58
CCM2-201ENST00000258781 GRIN2BQ13224 1484 aa43.62■■■■■ 4.57
CCM2-201ENST00000258781 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP43.62■■■■■ 4.57
CCM2-201ENST00000258781 ADAMTS12P58397 1594 aa43.5■■■■■ 4.55
CCM2-201ENST00000258781 CLIP1P30622 1438 aa43.47■■■■■ 4.55
CCM2-201ENST00000258781 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.44■■■■■ 4.54
CCM2-201ENST00000258781 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.4■■■■■ 4.54
CCM2-201ENST00000258781 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.32■■■■■ 4.53
CCM2-201ENST00000258781 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa43.21■■■■■ 4.51
CCM2-201ENST00000258781 VPS8Q8N3P4 1428 aa43.17■■■■■ 4.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.8 ms