Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PDLIM3Q53GG5 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
PDLIM3Q53GG5 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PDLIM3Q53GG5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
PDLIM3Q53GG5 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
PDLIM3Q53GG5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
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