Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TPM4P67936 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
TPM4P67936 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TPM4P67936 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TPM4P67936 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TPM4P67936 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TPM4P67936 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TPM4P67936 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TPM4P67936 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TPM4P67936 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TPM4P67936 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TPM4P67936 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TPM4P67936 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TPM4P67936 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TPM4P67936 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TPM4P67936 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
TPM4P67936 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
TPM4P67936 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
TPM4P67936 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
TPM4P67936 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
TPM4P67936 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
TPM4P67936 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
TPM4P67936 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
TPM4P67936 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
TPM4P67936 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
TPM4P67936 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TPM4P67936 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TPM4P67936 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
TPM4P67936 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TPM4P67936 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TPM4P67936 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
TPM4P67936 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TPM4P67936 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TPM4P67936 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TPM4P67936 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TPM4P67936 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
TPM4P67936 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TPM4P67936 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TPM4P67936 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TPM4P67936 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TPM4P67936 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TPM4P67936 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TPM4P67936 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TPM4P67936 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TPM4P67936 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TPM4P67936 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TPM4P67936 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TPM4P67936 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
TPM4P67936 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TPM4P67936 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TPM4P67936 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TPM4P67936 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TPM4P67936 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
TPM4P67936 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TPM4P67936 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TPM4P67936 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TPM4P67936 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TPM4P67936 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
TPM4P67936 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TPM4P67936 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TPM4P67936 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
TPM4P67936 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
TPM4P67936 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TPM4P67936 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TPM4P67936 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TPM4P67936 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TPM4P67936 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TPM4P67936 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
TPM4P67936 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
TPM4P67936 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TPM4P67936 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TPM4P67936 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TPM4P67936 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
TPM4P67936 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
TPM4P67936 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
TPM4P67936 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
TPM4P67936 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
TPM4P67936 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
TPM4P67936 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
TPM4P67936 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
TPM4P67936 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TPM4P67936 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TPM4P67936 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TPM4P67936 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TPM4P67936 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TPM4P67936 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
TPM4P67936 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
TPM4P67936 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
TPM4P67936 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TPM4P67936 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TPM4P67936 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
TPM4P67936 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TPM4P67936 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TPM4P67936 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
TPM4P67936 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
TPM4P67936 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
TPM4P67936 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
TPM4P67936 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
TPM4P67936 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
TPM4P67936 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms