Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PKNOX1P55347 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PKNOX1P55347 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PKNOX1P55347 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
PKNOX1P55347 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PKNOX1P55347 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PKNOX1P55347 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PKNOX1P55347 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms