Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
COPB1P53618 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
COPB1P53618 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
COPB1P53618 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
COPB1P53618 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
COPB1P53618 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COPB1P53618 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COPB1P53618 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COPB1P53618 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COPB1P53618 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COPB1P53618 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COPB1P53618 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COPB1P53618 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COPB1P53618 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
COPB1P53618 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
COPB1P53618 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
COPB1P53618 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
COPB1P53618 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
COPB1P53618 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COPB1P53618 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COPB1P53618 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
COPB1P53618 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COPB1P53618 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COPB1P53618 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
COPB1P53618 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COPB1P53618 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COPB1P53618 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COPB1P53618 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COPB1P53618 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COPB1P53618 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COPB1P53618 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COPB1P53618 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COPB1P53618 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COPB1P53618 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COPB1P53618 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COPB1P53618 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COPB1P53618 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COPB1P53618 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
COPB1P53618 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COPB1P53618 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COPB1P53618 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COPB1P53618 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
COPB1P53618 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
COPB1P53618 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COPB1P53618 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COPB1P53618 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COPB1P53618 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COPB1P53618 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COPB1P53618 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COPB1P53618 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COPB1P53618 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COPB1P53618 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COPB1P53618 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COPB1P53618 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COPB1P53618 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COPB1P53618 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COPB1P53618 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COPB1P53618 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COPB1P53618 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COPB1P53618 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COPB1P53618 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COPB1P53618 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COPB1P53618 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COPB1P53618 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COPB1P53618 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
COPB1P53618 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COPB1P53618 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COPB1P53618 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COPB1P53618 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
COPB1P53618 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COPB1P53618 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COPB1P53618 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COPB1P53618 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COPB1P53618 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COPB1P53618 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COPB1P53618 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COPB1P53618 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COPB1P53618 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COPB1P53618 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COPB1P53618 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COPB1P53618 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COPB1P53618 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COPB1P53618 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COPB1P53618 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COPB1P53618 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COPB1P53618 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COPB1P53618 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COPB1P53618 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COPB1P53618 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COPB1P53618 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COPB1P53618 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COPB1P53618 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COPB1P53618 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COPB1P53618 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COPB1P53618 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
COPB1P53618 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COPB1P53618 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COPB1P53618 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COPB1P53618 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COPB1P53618 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms