Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SMTN-203ENST00000358743 3198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.224e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SMTN-213ENST00000460658 5080 ntTSL 513.17□□□□□ -0.34e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SMTN-222ENST00000612341 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.4□□□□□ -0.424e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SMTN-218ENST00000489337 3560 ntTSL 211.74□□□□□ -0.534e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 STRIP1-203ENST00000461054 577 ntTSL 38.47□□□□□ -1.054e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 PTBP1-215ENST00000589883 683 ntTSL 317.57■□□□□ 0.42e-13■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 USP11-205ENST00000467378 696 ntTSL 317.14■□□□□ 0.337e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 USP11-212ENST00000497179 900 ntTSL 513□□□□□ -0.337e-10■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SRGAP2-207ENST00000604010 884 ntTSL 512.32□□□□□ -0.442e-16■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SRGAP2-217ENST00000624873 4705 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.852e-16■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SRGAP2-203ENST00000573034 6301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.61□□□□□ -1.032e-16■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 RPS21-205ENST00000492356 429 ntTSL 1 (best)11.19□□□□□ -0.621e-12■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 RPS21-201ENST00000343986 344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -11e-12■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NCKIPSD-209ENST00000470006 814 ntTSL 217.45■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 CPNE1-212ENST00000430570 1332 ntTSL 522.57■■□□□ 1.21e-7■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-207ENST00000424634 579 ntTSL 316.76■□□□□ 0.274e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-218ENST00000493456 478 ntTSL 316.26■□□□□ 0.194e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-208ENST00000430547 537 ntTSL 416.06■□□□□ 0.164e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.074e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.014e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-210ENST00000434760 763 ntTSL 414.27□□□□□ -0.134e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-204ENST00000417702 584 ntTSL 413.98□□□□□ -0.174e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-219ENST00000497960 986 ntTSL 213.98□□□□□ -0.174e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-201ENST00000347635 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.184e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 MAP2K7-207ENST00000494348 724 ntTSL 512.34□□□□□ -0.433e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-216ENST00000486184 821 ntTSL 310.3□□□□□ -0.764e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-205ENST00000419387 1018 ntTSL 38.62□□□□□ -1.034e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-215ENST00000484186 431 ntTSL 58.62□□□□□ -1.034e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 NUP50-206ENST00000422489 543 ntTSL 38.48□□□□□ -1.054e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.412e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 PLCXD1-201ENST00000381657 5507 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.532e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 PLCXD1-203ENST00000399012 5287 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.552e-8■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 CREBBP-212ENST00000576720 3578 ntTSL 214.16□□□□□ -0.141e-6■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 CREBBP-204ENST00000571763 548 ntTSL 27.75□□□□□ -1.171e-6■■■■■ 40.5
SF3B4Q15427 SPTLC1-201ENST00000262554 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.583e-6■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NOL10-205ENST00000538384 3418 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.511e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NOL10-201ENST00000345985 3333 ntTSL 2 BASIC10.89□□□□□ -0.671e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NOL10-202ENST00000381685 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.92□□□□□ -0.821e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NOL10-203ENST00000431319 827 ntTSL 34.26□□□□□ -1.731e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 RPL3-212ENST00000467105 1396 ntTSL 1 (best)12.91□□□□□ -0.341e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SLC6A6-201ENST00000452151 284 ntTSL 56.42□□□□□ -1.385e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 TSC2-226ENST00000569930 2621 ntTSL 218.46■□□□□ 0.553e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 TSC2-225ENST00000569110 1687 ntTSL 514.55□□□□□ -0.083e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 ESYT1-210ENST00000551790 540 ntTSL 411.78□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SAFB-207ENST00000589863 2708 ntTSL 216.23■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.063e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.063e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.163e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 SAFB-211ENST00000592224 3014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 USP21-210ENST00000493054 770 ntTSL 510.62□□□□□ -0.711e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 USP21-206ENST00000485277 863 ntTSL 58.77□□□□□ -1.011e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 DHX34-201ENST00000328771 4372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.417e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.521e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-226ENST00000631619 2457 ntTSL 517.57■□□□□ 0.41e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-216ENST00000475298 2362 ntTSL 1 (best)13.15□□□□□ -0.31e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-217ENST00000476367 1603 ntTSL 1 (best)12.92□□□□□ -0.341e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-219ENST00000477127 1464 ntTSL 512.27□□□□□ -0.441e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-212ENST00000470121 1889 ntTSL 1 (best)12.09□□□□□ -0.471e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-215ENST00000474539 4799 ntTSL 1 (best)4.75□□□□□ -1.651e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-204ENST00000464316 3843 ntTSL 1 (best)3.9□□□□□ -1.781e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-214ENST00000471247 3671 ntTSL 1 (best)2.88□□□□□ -1.951e-9■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 CCNL1-221ENST00000479052 458 ntTSL 32.66□□□□□ -1.984e-13■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 HGS-202ENST00000570355 735 ntTSL 513.32□□□□□ -0.286e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NEU1-208ENST00000491768 1875 ntTSL 516.82■□□□□ 0.283e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.183e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NEU1-207ENST00000480384 2214 ntTSL 215.74■□□□□ 0.113e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 NEU1-209ENST00000495807 4616 ntTSL 212.29□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 40.4
SF3B4Q15427 WDHD1-202ENST00000420358 3722 ntTSL 5 BASIC7.25□□□□□ -1.252e-6■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 WDHD1-201ENST00000360586 5996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 22e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.612e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.552e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.342e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.182e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.12e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.062e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.82e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.792e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-209ENST00000590049 592 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.18□□□□□ -0.782e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-202ENST00000586851 616 ntTSL 37.42□□□□□ -1.222e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CAPNS1-210ENST00000590211 403 ntTSL 53.63□□□□□ -1.832e-10■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 RECQL5-212ENST00000580707 948 ntTSL 316.15■□□□□ 0.186e-11■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SHC2-202ENST00000587423 1691 ntTSL 218.21■□□□□ 0.512e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SHC2-205ENST00000590170 816 ntTSL 516.49■□□□□ 0.232e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SHC2-203ENST00000588376 1551 ntTSL 1 (best)13.83□□□□□ -0.192e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 THOP1-203ENST00000585338 761 ntTSL 322.64■■□□□ 1.212e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 THOP1-204ENST00000585673 784 ntTSL 321.74■■□□□ 1.072e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.781e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLEKHJ1-209ENST00000588545 889 ntTSL 219.78■□□□□ 0.762e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-204ENST00000527609 585 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)19.53■□□□□ 0.722e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ABCF3-202ENST00000421340 690 ntTSL 219.24■□□□□ 0.672e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-204ENST00000394449 2048 ntTSL 519.13■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-211ENST00000496139 530 ntTSL 419.09■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-208ENST00000441936 590 ntTSL 418.97■□□□□ 0.631e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.611e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-210ENST00000486163 513 ntTSL 418.73■□□□□ 0.591e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ASIC3-205ENST00000468325 1668 ntTSL 1 (best)18.16■□□□□ 0.52e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.452e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.432e-8■■■■■ 40.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3320.3 ms