Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
FOXA1P55317 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
FOXA1P55317 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
FOXA1P55317 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
FOXA1P55317 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
FOXA1P55317 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
FOXA1P55317 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
FOXA1P55317 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
FOXA1P55317 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
FOXA1P55317 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
FOXA1P55317 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
FOXA1P55317 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
FOXA1P55317 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
FOXA1P55317 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
FOXA1P55317 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
FOXA1P55317 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
FOXA1P55317 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
FOXA1P55317 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
FOXA1P55317 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
FOXA1P55317 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
FOXA1P55317 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
FOXA1P55317 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
FOXA1P55317 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
FOXA1P55317 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
FOXA1P55317 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
FOXA1P55317 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
FOXA1P55317 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
FOXA1P55317 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
FOXA1P55317 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
FOXA1P55317 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
FOXA1P55317 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
FOXA1P55317 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
FOXA1P55317 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
FOXA1P55317 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
FOXA1P55317 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
FOXA1P55317 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
FOXA1P55317 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
FOXA1P55317 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
FOXA1P55317 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
FOXA1P55317 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
FOXA1P55317 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms