Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC28AQ8IWP9 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC28AQ8IWP9 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC28AQ8IWP9 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC28AQ8IWP9 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC28AQ8IWP9 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC28AQ8IWP9 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC28AQ8IWP9 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC28AQ8IWP9 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC28AQ8IWP9 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC28AQ8IWP9 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC28AQ8IWP9 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC28AQ8IWP9 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC28AQ8IWP9 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC28AQ8IWP9 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC28AQ8IWP9 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC28AQ8IWP9 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC28AQ8IWP9 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC28AQ8IWP9 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC28AQ8IWP9 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC28AQ8IWP9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC28AQ8IWP9 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC28AQ8IWP9 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC28AQ8IWP9 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC28AQ8IWP9 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC28AQ8IWP9 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC28AQ8IWP9 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC28AQ8IWP9 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC28AQ8IWP9 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC28AQ8IWP9 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC28AQ8IWP9 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC28AQ8IWP9 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28AQ8IWP9 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28AQ8IWP9 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC28AQ8IWP9 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC28AQ8IWP9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC28AQ8IWP9 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC28AQ8IWP9 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC28AQ8IWP9 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC28AQ8IWP9 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28AQ8IWP9 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28AQ8IWP9 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC28AQ8IWP9 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC28AQ8IWP9 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28AQ8IWP9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC28AQ8IWP9 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28AQ8IWP9 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC28AQ8IWP9 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28AQ8IWP9 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC28AQ8IWP9 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC28AQ8IWP9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC28AQ8IWP9 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC28AQ8IWP9 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC28AQ8IWP9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC28AQ8IWP9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC28AQ8IWP9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC28AQ8IWP9 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC28AQ8IWP9 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC28AQ8IWP9 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC28AQ8IWP9 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC28AQ8IWP9 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC28AQ8IWP9 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC28AQ8IWP9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC28AQ8IWP9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28AQ8IWP9 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC28AQ8IWP9 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC28AQ8IWP9 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC28AQ8IWP9 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC28AQ8IWP9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28AQ8IWP9 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28AQ8IWP9 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC28AQ8IWP9 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28AQ8IWP9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28AQ8IWP9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC28AQ8IWP9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms