Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3P4

RHBDD3, Rhomboid domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDD3Q9Y3P4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RHBDD3Q9Y3P4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
RHBDD3Q9Y3P4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RHBDD3Q9Y3P4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RHBDD3Q9Y3P4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
RHBDD3Q9Y3P4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
RHBDD3Q9Y3P4 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
RHBDD3Q9Y3P4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.7 ms