Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC54Q8NEL0 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC54Q8NEL0 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC54Q8NEL0 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC54Q8NEL0 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC54Q8NEL0 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms