Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS4BO75351 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS4BO75351 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS4BO75351 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS4BO75351 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS4BO75351 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS4BO75351 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS4BO75351 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms