Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms