Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC39Q9UFE4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC39Q9UFE4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC39Q9UFE4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC39Q9UFE4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.53
CCDC39Q9UFE4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC39Q9UFE4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC39Q9UFE4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC39Q9UFE4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC39Q9UFE4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9 ms