Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC38.33■■■■□ 3.73
CCDC39Q9UFE4 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC38.14■■■■□ 3.7
CCDC39Q9UFE4 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC39Q9UFE4 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC37.53■■■■□ 3.6
CCDC39Q9UFE4 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC39Q9UFE4 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC39Q9UFE4 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC39Q9UFE4 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC39Q9UFE4 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC39Q9UFE4 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC39Q9UFE4 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
CCDC39Q9UFE4 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.49
CCDC39Q9UFE4 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC39Q9UFE4 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC39Q9UFE4 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC39Q9UFE4 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC39Q9UFE4 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC39Q9UFE4 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC39Q9UFE4 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC39Q9UFE4 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CCDC39Q9UFE4 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC39Q9UFE4 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC39Q9UFE4 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC39Q9UFE4 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC39Q9UFE4 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
CCDC39Q9UFE4 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.36■■■■□ 3.25
CCDC39Q9UFE4 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC39Q9UFE4 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CCDC39Q9UFE4 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CCDC39Q9UFE4 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CCDC39Q9UFE4 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CCDC39Q9UFE4 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CCDC39Q9UFE4 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
CCDC39Q9UFE4 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC39Q9UFE4 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC39Q9UFE4 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC39Q9UFE4 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC39Q9UFE4 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC39Q9UFE4 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC39Q9UFE4 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC39Q9UFE4 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC39Q9UFE4 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC39Q9UFE4 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
CCDC39Q9UFE4 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
CCDC39Q9UFE4 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC39Q9UFE4 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC39Q9UFE4 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
CCDC39Q9UFE4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCDC39Q9UFE4 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC39Q9UFE4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC39Q9UFE4 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
CCDC39Q9UFE4 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CCDC39Q9UFE4 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
CCDC39Q9UFE4 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC39Q9UFE4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC39Q9UFE4 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC39Q9UFE4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC39Q9UFE4 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC39Q9UFE4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC39Q9UFE4 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC39Q9UFE4 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC39Q9UFE4 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC39Q9UFE4 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC39Q9UFE4 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC39Q9UFE4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC39Q9UFE4 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC39Q9UFE4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC39Q9UFE4 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC39Q9UFE4 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC39Q9UFE4 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC39Q9UFE4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC39Q9UFE4 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC39Q9UFE4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC39Q9UFE4 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC39Q9UFE4 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CCDC39Q9UFE4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC39Q9UFE4 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC39Q9UFE4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC39Q9UFE4 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC39Q9UFE4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC39Q9UFE4 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC39Q9UFE4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC39Q9UFE4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC39Q9UFE4 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC39Q9UFE4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC39Q9UFE4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC39Q9UFE4 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC39Q9UFE4 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC39Q9UFE4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC39Q9UFE4 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC39Q9UFE4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC39Q9UFE4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC39Q9UFE4 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC39Q9UFE4 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC39Q9UFE4 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC39Q9UFE4 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms