Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HERPUD2Q9BSE4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HERPUD2Q9BSE4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HERPUD2Q9BSE4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HERPUD2Q9BSE4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HERPUD2Q9BSE4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
HERPUD2Q9BSE4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
HERPUD2Q9BSE4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HERPUD2Q9BSE4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HERPUD2Q9BSE4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
HERPUD2Q9BSE4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.5 ms