Protein–RNA interactions for Protein: Q99801

NKX3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-1Q99801 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX3-1Q99801 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX3-1Q99801 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX3-1Q99801 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
NKX3-1Q99801 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NKX3-1Q99801 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NKX3-1Q99801 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX3-1Q99801 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX3-1Q99801 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NKX3-1Q99801 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms