Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS4BO75351 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS4BO75351 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS4BO75351 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS4BO75351 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4BO75351 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4BO75351 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS4BO75351 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS4BO75351 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms