Protein–RNA interactions for Protein: O60232

SSSCA1, Sjoegren syndrome/scleroderma autoantigen 1, humanhuman

Predictions only

Length 199 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSSCA1O60232 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SSSCA1O60232 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SSSCA1O60232 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSSCA1O60232 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SSSCA1O60232 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SSSCA1O60232 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SSSCA1O60232 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SSSCA1O60232 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SSSCA1O60232 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SSSCA1O60232 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SSSCA1O60232 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SSSCA1O60232 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms