Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LINC00477Q96M19 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LINC00477Q96M19 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LINC00477Q96M19 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LINC00477Q96M19 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LINC00477Q96M19 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LINC00477Q96M19 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LINC00477Q96M19 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LINC00477Q96M19 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LINC00477Q96M19 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LINC00477Q96M19 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LINC00477Q96M19 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LINC00477Q96M19 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LINC00477Q96M19 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LINC00477Q96M19 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LINC00477Q96M19 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LINC00477Q96M19 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LINC00477Q96M19 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LINC00477Q96M19 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LINC00477Q96M19 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LINC00477Q96M19 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LINC00477Q96M19 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LINC00477Q96M19 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LINC00477Q96M19 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LINC00477Q96M19 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LINC00477Q96M19 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LINC00477Q96M19 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms