Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
MSX2P35548 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
MSX2P35548 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
MSX2P35548 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
MSX2P35548 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSX2P35548 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
MSX2P35548 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSX2P35548 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSX2P35548 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
MSX2P35548 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
MSX2P35548 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
MSX2P35548 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
MSX2P35548 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
MSX2P35548 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
MSX2P35548 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
MSX2P35548 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
MSX2P35548 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
MSX2P35548 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
MSX2P35548 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
MSX2P35548 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSX2P35548 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSX2P35548 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSX2P35548 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSX2P35548 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
MSX2P35548 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
MSX2P35548 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
MSX2P35548 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
MSX2P35548 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
MSX2P35548 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
MSX2P35548 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
MSX2P35548 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
MSX2P35548 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
MSX2P35548 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
MSX2P35548 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
MSX2P35548 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSX2P35548 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSX2P35548 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
MSX2P35548 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
MSX2P35548 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
MSX2P35548 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
MSX2P35548 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
MSX2P35548 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSX2P35548 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
MSX2P35548 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
MSX2P35548 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
MSX2P35548 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
MSX2P35548 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
MSX2P35548 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
MSX2P35548 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
MSX2P35548 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
MSX2P35548 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSX2P35548 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSX2P35548 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSX2P35548 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
MSX2P35548 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
MSX2P35548 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
MSX2P35548 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
MSX2P35548 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
MSX2P35548 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
MSX2P35548 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
MSX2P35548 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSX2P35548 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSX2P35548 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
MSX2P35548 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSX2P35548 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSX2P35548 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSX2P35548 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSX2P35548 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
MSX2P35548 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
MSX2P35548 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSX2P35548 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSX2P35548 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSX2P35548 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
MSX2P35548 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
MSX2P35548 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSX2P35548 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSX2P35548 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSX2P35548 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
MSX2P35548 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
MSX2P35548 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
MSX2P35548 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
MSX2P35548 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
MSX2P35548 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSX2P35548 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSX2P35548 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSX2P35548 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
MSX2P35548 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSX2P35548 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSX2P35548 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSX2P35548 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
MSX2P35548 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSX2P35548 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSX2P35548 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSX2P35548 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSX2P35548 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSX2P35548 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MSX2P35548 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSX2P35548 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
MSX2P35548 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSX2P35548 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms