Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRQ5

SMCO4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 59 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO4Q9NRQ5 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMCO4Q9NRQ5 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMCO4Q9NRQ5 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMCO4Q9NRQ5 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMCO4Q9NRQ5 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMCO4Q9NRQ5 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMCO4Q9NRQ5 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMCO4Q9NRQ5 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMCO4Q9NRQ5 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMCO4Q9NRQ5 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMCO4Q9NRQ5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMCO4Q9NRQ5 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMCO4Q9NRQ5 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMCO4Q9NRQ5 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMCO4Q9NRQ5 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMCO4Q9NRQ5 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMCO4Q9NRQ5 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMCO4Q9NRQ5 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMCO4Q9NRQ5 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMCO4Q9NRQ5 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMCO4Q9NRQ5 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMCO4Q9NRQ5 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMCO4Q9NRQ5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMCO4Q9NRQ5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMCO4Q9NRQ5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMCO4Q9NRQ5 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMCO4Q9NRQ5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMCO4Q9NRQ5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMCO4Q9NRQ5 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMCO4Q9NRQ5 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMCO4Q9NRQ5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMCO4Q9NRQ5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMCO4Q9NRQ5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SMCO4Q9NRQ5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMCO4Q9NRQ5 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMCO4Q9NRQ5 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms