Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J248

TRAV1-1, T-cell receptor alpha variable 1-1 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 108 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-1A0A0B4J248 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.92
TRAV1-1A0A0B4J248 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRAV1-1A0A0B4J248 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRAV1-1A0A0B4J248 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRAV1-1A0A0B4J248 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRAV1-1A0A0B4J248 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRAV1-1A0A0B4J248 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRAV1-1A0A0B4J248 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRAV1-1A0A0B4J248 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRAV1-1A0A0B4J248 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRAV1-1A0A0B4J248 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRAV1-1A0A0B4J248 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRAV1-1A0A0B4J248 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRAV1-1A0A0B4J248 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRAV1-1A0A0B4J248 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRAV1-1A0A0B4J248 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAV1-1A0A0B4J248 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAV1-1A0A0B4J248 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRAV1-1A0A0B4J248 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TRAV1-1A0A0B4J248 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRAV1-1A0A0B4J248 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRAV1-1A0A0B4J248 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAV1-1A0A0B4J248 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRAV1-1A0A0B4J248 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRAV1-1A0A0B4J248 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TRAV1-1A0A0B4J248 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRAV1-1A0A0B4J248 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRAV1-1A0A0B4J248 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRAV1-1A0A0B4J248 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRAV1-1A0A0B4J248 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRAV1-1A0A0B4J248 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRAV1-1A0A0B4J248 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRAV1-1A0A0B4J248 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRAV1-1A0A0B4J248 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRAV1-1A0A0B4J248 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRAV1-1A0A0B4J248 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRAV1-1A0A0B4J248 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRAV1-1A0A0B4J248 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRAV1-1A0A0B4J248 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRAV1-1A0A0B4J248 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRAV1-1A0A0B4J248 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRAV1-1A0A0B4J248 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAV1-1A0A0B4J248 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRAV1-1A0A0B4J248 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRAV1-1A0A0B4J248 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRAV1-1A0A0B4J248 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRAV1-1A0A0B4J248 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRAV1-1A0A0B4J248 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRAV1-1A0A0B4J248 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRAV1-1A0A0B4J248 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRAV1-1A0A0B4J248 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRAV1-1A0A0B4J248 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRAV1-1A0A0B4J248 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRAV1-1A0A0B4J248 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRAV1-1A0A0B4J248 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRAV1-1A0A0B4J248 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRAV1-1A0A0B4J248 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRAV1-1A0A0B4J248 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRAV1-1A0A0B4J248 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRAV1-1A0A0B4J248 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRAV1-1A0A0B4J248 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRAV1-1A0A0B4J248 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRAV1-1A0A0B4J248 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRAV1-1A0A0B4J248 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-1A0A0B4J248 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRAV1-1A0A0B4J248 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRAV1-1A0A0B4J248 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-1A0A0B4J248 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-1A0A0B4J248 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRAV1-1A0A0B4J248 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRAV1-1A0A0B4J248 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRAV1-1A0A0B4J248 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV1-1A0A0B4J248 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV1-1A0A0B4J248 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV1-1A0A0B4J248 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV1-1A0A0B4J248 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV1-1A0A0B4J248 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV1-1A0A0B4J248 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV1-1A0A0B4J248 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV1-1A0A0B4J248 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV1-1A0A0B4J248 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms