Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NEK3P51956 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NEK3P51956 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
NEK3P51956 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NEK3P51956 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NEK3P51956 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NEK3P51956 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NEK3P51956 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NEK3P51956 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NEK3P51956 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NEK3P51956 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NEK3P51956 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NEK3P51956 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
NEK3P51956 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NEK3P51956 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NEK3P51956 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
NEK3P51956 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NEK3P51956 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NEK3P51956 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NEK3P51956 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NEK3P51956 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NEK3P51956 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NEK3P51956 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NEK3P51956 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NEK3P51956 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
NEK3P51956 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NEK3P51956 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NEK3P51956 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NEK3P51956 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NEK3P51956 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
NEK3P51956 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NEK3P51956 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NEK3P51956 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NEK3P51956 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NEK3P51956 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NEK3P51956 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NEK3P51956 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NEK3P51956 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NEK3P51956 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NEK3P51956 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
NEK3P51956 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
NEK3P51956 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
NEK3P51956 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
NEK3P51956 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
NEK3P51956 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
NEK3P51956 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NEK3P51956 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NEK3P51956 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NEK3P51956 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
NEK3P51956 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NEK3P51956 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NEK3P51956 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
NEK3P51956 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NEK3P51956 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NEK3P51956 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NEK3P51956 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
NEK3P51956 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
NEK3P51956 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
NEK3P51956 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
NEK3P51956 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
NEK3P51956 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NEK3P51956 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NEK3P51956 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
NEK3P51956 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
NEK3P51956 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
NEK3P51956 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
NEK3P51956 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NEK3P51956 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NEK3P51956 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NEK3P51956 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NEK3P51956 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NEK3P51956 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NEK3P51956 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NEK3P51956 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NEK3P51956 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NEK3P51956 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NEK3P51956 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NEK3P51956 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NEK3P51956 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NEK3P51956 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
NEK3P51956 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NEK3P51956 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NEK3P51956 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
NEK3P51956 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NEK3P51956 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NEK3P51956 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NEK3P51956 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NEK3P51956 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NEK3P51956 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NEK3P51956 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NEK3P51956 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NEK3P51956 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
NEK3P51956 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NEK3P51956 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NEK3P51956 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.7 ms