RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640499.1

VEGFA-231, Transcript of vascular endothelial growth factor A, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,188 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VEGFA-231	ENST00000640499	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		64.97	■■■■■ 7.99
VEGFA-231	ENST00000640499	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		57.64	■■■■■ 6.82
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC9	O60706	1549 aa		56.41	■■■■■ 6.62
VEGFA-231	ENST00000640499	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		54.2	■■■■■ 6.27
VEGFA-231	ENST00000640499	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		54.2	■■■■■ 6.27
VEGFA-231	ENST00000640499	NACAD	O15069	1562 aa		54.19	■■■■■ 6.27
VEGFA-231	ENST00000640499	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	54.13	■■■■■ 6.26
VEGFA-231	ENST00000640499	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		53.91	■■■■■ 6.22
VEGFA-231	ENST00000640499	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		53.72	■■■■■ 6.19
VEGFA-231	ENST00000640499	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		53.11	■■■■■ 6.09
VEGFA-231	ENST00000640499	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	52.78	■■■■■ 6.04
VEGFA-231	ENST00000640499	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		52.73	■■■■■ 6.03
VEGFA-231	ENST00000640499	SCRIB	Q14160	1630 aa		52.66	■■■■■ 6.02
VEGFA-231	ENST00000640499	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		51.97	■■■■■ 5.91
VEGFA-231	ENST00000640499	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		51.89	■■■■■ 5.9
VEGFA-231	ENST00000640499	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	51.24	■■■■■ 5.79
VEGFA-231	ENST00000640499	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		51.03	■■■■■ 5.76
VEGFA-231	ENST00000640499	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		50.7	■■■■■ 5.71
VEGFA-231	ENST00000640499	SMARCA4	P51532	1647 aa		50.37	■■■■■ 5.65
VEGFA-231	ENST00000640499	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	50.28	■■■■■ 5.64
VEGFA-231	ENST00000640499	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		50.13	■■■■■ 5.61
VEGFA-231	ENST00000640499	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		50.12	■■■■■ 5.61
VEGFA-231	ENST00000640499	NCAPD3	P42695	1498 aa		50.07	■■■■■ 5.61
VEGFA-231	ENST00000640499	SMARCA2	P51531	1590 aa		49.96	■■■■■ 5.59
VEGFA-231	ENST00000640499	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		49.89	■■■■■ 5.58
VEGFA-231	ENST00000640499	HMGXB3	Q12766	1538 aa		49.76	■■■■■ 5.56
VEGFA-231	ENST00000640499	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	49.63	■■■■■ 5.53
VEGFA-231	ENST00000640499	WIZ	O95785	1651 aa		49.58	■■■■■ 5.53
VEGFA-231	ENST00000640499	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	49.57	■■■■■ 5.53
VEGFA-231	ENST00000640499	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	48.98	■■■■■ 5.43
VEGFA-231	ENST00000640499	NES	P48681	1621 aa		48.91	■■■■■ 5.42
VEGFA-231	ENST00000640499	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		48.65	■■■■■ 5.38
VEGFA-231	ENST00000640499	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		48.6	■■■■■ 5.37
VEGFA-231	ENST00000640499	ERCC6	Q03468	1493 aa		48.49	■■■■■ 5.35
VEGFA-231	ENST00000640499	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		48.48	■■■■■ 5.35
VEGFA-231	ENST00000640499	CFTR	P13569	1480 aa		48.34	■■■■■ 5.33
VEGFA-231	ENST00000640499	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	48.32	■■■■■ 5.33
VEGFA-231	ENST00000640499	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		48.32	■■■■■ 5.33
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		48.25	■■■■■ 5.31
VEGFA-231	ENST00000640499	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	48.09	■■■■■ 5.29
VEGFA-231	ENST00000640499	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		48.02	■■■■■ 5.28
VEGFA-231	ENST00000640499	CUX2	O14529	1486 aa		47.98	■■■■■ 5.27
VEGFA-231	ENST00000640499	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		47.91	■■■■■ 5.26
VEGFA-231	ENST00000640499	PRDM2	Q13029	1718 aa		47.9	■■■■■ 5.26
VEGFA-231	ENST00000640499	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		47.84	■■■■■ 5.25
VEGFA-231	ENST00000640499	WDR62	O43379	1518 aa		47.71	■■■■■ 5.23
VEGFA-231	ENST00000640499	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	47.61	■■■■■ 5.21
VEGFA-231	ENST00000640499	TOPBP1	Q92547	1522 aa		47.29	■■■■■ 5.16
VEGFA-231	ENST00000640499	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		47.2	■■■■■ 5.15
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC8	Q09428	1581 aa		47.18	■■■■■ 5.14
VEGFA-231	ENST00000640499	CUX1	P39880	1505 aa		47	■■■■■ 5.12
VEGFA-231	ENST00000640499	IFT140	Q96RY7	1462 aa		46.91	■■■■■ 5.1
VEGFA-231	ENST00000640499	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	46.89	■■■■■ 5.1
VEGFA-231	ENST00000640499	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	46.81	■■■■■ 5.08
VEGFA-231	ENST00000640499	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	46.79	■■■■■ 5.08
VEGFA-231	ENST00000640499	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		46.78	■■■■■ 5.08
VEGFA-231	ENST00000640499	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		46.74	■■■■■ 5.07
VEGFA-231	ENST00000640499	SOGA1	O94964	1423 aa		46.69	■■■■■ 5.06
VEGFA-231	ENST00000640499	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	46.66	■■■■■ 5.06	1e-6	■■■■□ 26.4
VEGFA-231	ENST00000640499	SYNJ1	O43426	1573 aa		46.6	■■■■■ 5.05
VEGFA-231	ENST00000640499	TOP2B	Q02880	1626 aa		46.56	■■■■■ 5.04
VEGFA-231	ENST00000640499	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		46.56	■■■■■ 5.04
VEGFA-231	ENST00000640499	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		46.54	■■■■■ 5.04
VEGFA-231	ENST00000640499	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	46.54	■■■■■ 5.04
VEGFA-231	ENST00000640499	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	46.53	■■■■■ 5.04	1e-8	■■■■■ 26.8
VEGFA-231	ENST00000640499	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	46.46	■■■■■ 5.03
VEGFA-231	ENST00000640499	WDR97	A6NE52	1622 aa		46.4	■■■■■ 5.02
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		46.33	■■■■■ 5.01
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		46.14	■■■■■ 4.98
VEGFA-231	ENST00000640499	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		46.13	■■■■■ 4.98
VEGFA-231	ENST00000640499	GRIN2B	Q13224	1484 aa		46.09	■■■■■ 4.97
VEGFA-231	ENST00000640499	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		46.06	■■■■■ 4.96
VEGFA-231	ENST00000640499	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		46.05	■■■■■ 4.96
VEGFA-231	ENST00000640499	PBRM1	Q86U86	1689 aa		46.01	■■■■■ 4.96
VEGFA-231	ENST00000640499	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	45.95	■■■■■ 4.95
VEGFA-231	ENST00000640499	CHD1	O14646	1710 aa		45.95	■■■■■ 4.95
VEGFA-231	ENST00000640499	FBLN2	P98095	1184 aa		45.86	■■■■■ 4.93
VEGFA-231	ENST00000640499	SYNJ2	O15056	1496 aa		45.79	■■■■■ 4.92
VEGFA-231	ENST00000640499	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	45.75	■■■■■ 4.91
VEGFA-231	ENST00000640499	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		45.73	■■■■■ 4.91
VEGFA-231	ENST00000640499	ADAMTS12	P58397	1594 aa		45.68	■■■■■ 4.9
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF27	Q86VH2	1401 aa		45.64	■■■■■ 4.9
VEGFA-231	ENST00000640499	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		45.6	■■■■■ 4.89
VEGFA-231	ENST00000640499	TRIM41	Q8WV44	630 aa		45.59	■■■■■ 4.89
VEGFA-231	ENST00000640499	IGF1R	P08069	1367 aa		45.57	■■■■■ 4.88
VEGFA-231	ENST00000640499	GRIN2A	Q12879	1464 aa		45.53	■■■■■ 4.88
VEGFA-231	ENST00000640499	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		45.49	■■■■■ 4.87
VEGFA-231	ENST00000640499	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		45.44	■■■■■ 4.86
VEGFA-231	ENST00000640499	NUP160	Q12769	1436 aa		45.35	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		45.34	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		45.34	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		45.34	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	CEP170	Q5SW79	1584 aa		45.34	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGEF11	O15085	1522 aa		45.32	■■■■■ 4.85
VEGFA-231	ENST00000640499	CUL7	Q14999	1698 aa		45.3	■■■■■ 4.84
VEGFA-231	ENST00000640499	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		45.23	■■■■■ 4.83
VEGFA-231	ENST00000640499	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		45.21	■■■■■ 4.83
VEGFA-231	ENST00000640499	ARAP1	Q96P48	1450 aa		45.01	■■■■■ 4.8
VEGFA-231	ENST00000640499	SHROOM2	Q13796	1616 aa		45	■■■■■ 4.79
VEGFA-231	ENST00000640499	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		44.95	■■■■■ 4.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.5 ms