Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 YBX3-218ENST00000546298 564 ntTSL 48.61□□□□□ -1.036e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TCERG1-215ENST00000515203 576 ntTSL 56.13□□□□□ -1.434e-7■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 RARS-202ENST00000518757 580 ntTSL 54.59□□□□□ -1.672e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TKT-214ENST00000494523 1955 ntTSL 211.7□□□□□ -0.547e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 PDE4A-206ENST00000589073 1703 ntTSL 517.33■□□□□ 0.371e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.351e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 PDE4A-207ENST00000590407 1770 ntTSL 1 (best)11.8□□□□□ -0.521e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 PDE4A-208ENST00000591971 836 ntTSL 511.25□□□□□ -0.611e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 KATNB1-201ENST00000379661 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.012e-10■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 KATNB1-206ENST00000566611 3854 ntTSL 214.15□□□□□ -0.152e-10■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC14.67□□□□□ -0.069e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.162e-11■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 TTLL3-215ENST00000438141 1743 ntTSL 211.43□□□□□ -0.582e-11■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 TTLL3-202ENST00000383827 4834 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.762e-11■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 TTLL3-225ENST00000473661 3811 ntTSL 59.35□□□□□ -0.912e-11■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 TTLL3-221ENST00000455274 2848 ntTSL 2 BASIC9.34□□□□□ -0.912e-11■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 FNDC3B-207ENST00000469491 2916 ntTSL 214.84□□□□□ -0.038e-8■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 DNAJC2-206ENST00000454277 854 ntTSL 512.27□□□□□ -0.454e-8■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 DNAJC2-202ENST00000379257 942 ntTSL 1 (best)10.77□□□□□ -0.694e-8■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 DNAJC2-205ENST00000426036 729 ntTSL 54.11□□□□□ -1.754e-8■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 DNAJC2-210ENST00000483637 373 ntTSL 33.87□□□□□ -1.794e-8■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 HDAC1-210ENST00000490081 1047 ntTSL 311.27□□□□□ -0.615e-7■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 KDM3A-210ENST00000470160 2955 ntTSL 26.31□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 KDM3A-214ENST00000491383 4485 ntTSL 1 (best)5.11□□□□□ -1.592e-6■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 PAN2-213ENST00000549348 567 ntTSL 45.35□□□□□ -1.555e-33■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 CLPTM1-212ENST00000591304 528 ntTSL 421.28■■□□□ 14e-15■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 CLPTM1-209ENST00000588855 1522 ntTSL 1 (best)17.01■□□□□ 0.314e-15■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 CLPTM1-210ENST00000589158 749 ntTSL 412.8□□□□□ -0.364e-15■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 CLPTM1-207ENST00000587537 737 ntTSL 29.37□□□□□ -0.914e-15■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 RING1-202ENST00000478431 1532 ntTSL 1 (best)21.85■■□□□ 1.099e-9■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.899e-9■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 NFKBIA-206ENST00000556664 381 ntTSL 210.43□□□□□ -0.749e-9■■■■■ 40.1
SF3B4Q15427 SORL1-206ENST00000527934 3032 ntTSL 2 BASIC10.64□□□□□ -0.712e-8■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 SORL1-213ENST00000534754 2222 ntTSL 38.76□□□□□ -1.012e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 SORL1-211ENST00000532694 3692 ntTSL 2 BASIC8.7□□□□□ -1.022e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 SORL1-204ENST00000525532 3836 ntTSL 2 BASIC8.49□□□□□ -1.052e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 SORL1-207ENST00000528339 3703 ntTSL 26.81□□□□□ -1.322e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.581e-10■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.481e-10■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NOP14-203ENST00000416614 3538 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.081e-10■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.241e-10■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 EEF1D-234ENST00000530616 749 ntTSL 312.24□□□□□ -0.451e-9■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 ATP5A1-213ENST00000590406 756 ntTSL 317.69■□□□□ 0.423e-14■■■■■ 40
SF3B4Q15427 ATP5A1-210ENST00000589869 910 ntTSL 313.49□□□□□ -0.253e-14■■■■■ 40
SF3B4Q15427 ATP5A1-212ENST00000590324 807 ntTSL 59.05□□□□□ -0.963e-14■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 CPNE1-223ENST00000475146 627 ntTSL 321.82■■□□□ 1.085e-12■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 GAPVD1-219ENST00000495955 5309 ntTSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -15e-12■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 GAPVD1-203ENST00000312123 4320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.57□□□□□ -1.365e-12■■■■■ 40
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SF3B4Q15427 RPL6-202ENST00000424576 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.19□□□□□ -1.425e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 PPP6R3-223ENST00000531432 589 ntTSL 36.17□□□□□ -1.421e-15■■■■■ 40
SF3B4Q15427 RPL6-201ENST00000202773 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.445e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 AHSA2-206ENST00000484217 1741 ntTSL 55.98□□□□□ -1.455e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 AHSA2-211ENST00000493628 633 ntTSL 35.8□□□□□ -1.485e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 RPL6-210ENST00000551291 700 ntTSL 35.6□□□□□ -1.515e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 AHSA2-203ENST00000410073 479 ntTSL 5 BASIC5.37□□□□□ -1.555e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 GAPVD1-206ENST00000394104 6737 ntTSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.565e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 RPL6-205ENST00000549562 583 ntTSL 24.83□□□□□ -1.645e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 AHSA2-209ENST00000491217 423 ntTSL 33.33□□□□□ -1.885e-12■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-211ENST00000484104 725 ntTSL 218.5■□□□□ 0.552e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-210ENST00000483227 886 ntTSL 1 (best)17.95■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-214ENST00000493924 1573 ntTSL 517.9■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-209ENST00000479508 741 ntTSL 217.59■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-216ENST00000498313 988 ntTSL 517■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-215ENST00000493948 641 ntTSL 316.3■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 02e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-202ENST00000339046 1202 ntTSL 215.08■□□□□ 02e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-206ENST00000446063 1262 ntTSL 1 (best)14.75□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.112e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-208ENST00000461200 3325 ntTSL 213.92□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-214ENST00000589225 5885 ntTSL 1 (best)13.47□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-210ENST00000588086 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)13.33□□□□□ -0.282e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-202ENST00000449938 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.562e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 USP36-204ENST00000586066 960 ntTSL 56.54□□□□□ -1.362e-8■■■■■ 40
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