RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		58.71	■■■■■ 6.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		52.3	■■■■■ 5.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCC9	O60706	1549 aa		51.5	■■■■■ 5.84
CPNE1-223	ENST00000475146	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		49.39	■■■■■ 5.5
CPNE1-223	ENST00000475146	NACAD	O15069	1562 aa		49.25	■■■■■ 5.47
CPNE1-223	ENST00000475146	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		49.25	■■■■■ 5.47
CPNE1-223	ENST00000475146	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	48.86	■■■■■ 5.41
CPNE1-223	ENST00000475146	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		48.82	■■■■■ 5.41
CPNE1-223	ENST00000475146	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		48.53	■■■■■ 5.36
CPNE1-223	ENST00000475146	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		48.24	■■■■■ 5.31
CPNE1-223	ENST00000475146	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	48.08	■■■■■ 5.29
CPNE1-223	ENST00000475146	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		47.87	■■■■■ 5.25
CPNE1-223	ENST00000475146	SCRIB	Q14160	1630 aa		47.78	■■■■■ 5.24
CPNE1-223	ENST00000475146	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		47.45	■■■■■ 5.19
CPNE1-223	ENST00000475146	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		47.33	■■■■■ 5.17
CPNE1-223	ENST00000475146	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	46.65	■■■■■ 5.06
CPNE1-223	ENST00000475146	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		46.54	■■■■■ 5.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		46.29	■■■■■ 5
CPNE1-223	ENST00000475146	SMARCA4	P51532	1647 aa		45.63	■■■■■ 4.9
CPNE1-223	ENST00000475146	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	45.54	■■■■■ 4.88
CPNE1-223	ENST00000475146	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		45.44	■■■■■ 4.87
CPNE1-223	ENST00000475146	NCAPD3	P42695	1498 aa		45.42	■■■■■ 4.86
CPNE1-223	ENST00000475146	SMARCA2	P51531	1590 aa		45.38	■■■■■ 4.86
CPNE1-223	ENST00000475146	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		45.26	■■■■■ 4.84
CPNE1-223	ENST00000475146	HMGXB3	Q12766	1538 aa		45.2	■■■■■ 4.83
CPNE1-223	ENST00000475146	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		45.14	■■■■■ 4.82
CPNE1-223	ENST00000475146	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	45.09	■■■■■ 4.81
CPNE1-223	ENST00000475146	WIZ	O95785	1651 aa		44.77	■■■■■ 4.76
CPNE1-223	ENST00000475146	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	44.64	■■■■■ 4.74
CPNE1-223	ENST00000475146	NES	P48681	1621 aa		44.47	■■■■■ 4.71
CPNE1-223	ENST00000475146	ERCC6	Q03468	1493 aa		44.44	■■■■■ 4.7
CPNE1-223	ENST00000475146	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		44.3	■■■■■ 4.68
CPNE1-223	ENST00000475146	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	44.28	■■■■■ 4.68
CPNE1-223	ENST00000475146	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		44.11	■■■■■ 4.65
CPNE1-223	ENST00000475146	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		44.02	■■■■■ 4.64
CPNE1-223	ENST00000475146	CUX2	O14529	1486 aa		44	■■■■■ 4.63
CPNE1-223	ENST00000475146	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		43.93	■■■■■ 4.62
CPNE1-223	ENST00000475146	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	43.84	■■■■■ 4.61
CPNE1-223	ENST00000475146	CFTR	P13569	1480 aa		43.78	■■■■■ 4.6
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		43.75	■■■■■ 4.59
CPNE1-223	ENST00000475146	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		43.64	■■■■■ 4.58
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		43.62	■■■■■ 4.57
CPNE1-223	ENST00000475146	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		43.6	■■■■■ 4.57
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR62	O43379	1518 aa		43.45	■■■■■ 4.55
CPNE1-223	ENST00000475146	PRDM2	Q13029	1718 aa		43.44	■■■■■ 4.54
CPNE1-223	ENST00000475146	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.39	■■■■■ 4.54
CPNE1-223	ENST00000475146	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	43.21	■■■■■ 4.51
CPNE1-223	ENST00000475146	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.93	■■■■■ 4.46
CPNE1-223	ENST00000475146	TOPBP1	Q92547	1522 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCC8	Q09428	1581 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CPNE1-223	ENST00000475146	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CPNE1-223	ENST00000475146	IFT140	Q96RY7	1462 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	42.53	■■■■■ 4.4
CPNE1-223	ENST00000475146	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	42.52	■■■■■ 4.4
CPNE1-223	ENST00000475146	CUX1	P39880	1505 aa		42.48	■■■■■ 4.39
CPNE1-223	ENST00000475146	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	42.42	■■■■■ 4.38
CPNE1-223	ENST00000475146	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		42.4	■■■■■ 4.38
CPNE1-223	ENST00000475146	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	42.36	■■■■■ 4.37
CPNE1-223	ENST00000475146	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		42.36	■■■■■ 4.37
CPNE1-223	ENST00000475146	SOGA1	O94964	1423 aa		42.35	■■■■■ 4.37
CPNE1-223	ENST00000475146	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	42.26	■■■■■ 4.36	3e-9	■■■■□ 23.9
CPNE1-223	ENST00000475146	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	42.15	■■■■■ 4.34
CPNE1-223	ENST00000475146	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	42.13	■■■■■ 4.34
CPNE1-223	ENST00000475146	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		42.13	■■■■■ 4.33
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR97	A6NE52	1622 aa		42.07	■■■■■ 4.33
CPNE1-223	ENST00000475146	TOP2B	Q02880	1626 aa		42.03	■■■■■ 4.32
CPNE1-223	ENST00000475146	SYNJ1	O43426	1573 aa		42.03	■■■■■ 4.32
CPNE1-223	ENST00000475146	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		42.02	■■■■■ 4.32
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		41.95	■■■■■ 4.31
CPNE1-223	ENST00000475146	GRIN2B	Q13224	1484 aa		41.89	■■■■■ 4.3
CPNE1-223	ENST00000475146	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		41.89	■■■■■ 4.3
CPNE1-223	ENST00000475146	CHD1	O14646	1710 aa		41.87	■■■■■ 4.29
CPNE1-223	ENST00000475146	FBLN2	P98095	1184 aa		41.86	■■■■■ 4.29
CPNE1-223	ENST00000475146	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		41.85	■■■■■ 4.29
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		41.8	■■■■■ 4.28
CPNE1-223	ENST00000475146	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	41.79	■■■■■ 4.28
CPNE1-223	ENST00000475146	PBRM1	Q86U86	1689 aa		41.78	■■■■■ 4.28
CPNE1-223	ENST00000475146	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	41.67	■■■■■ 4.26
CPNE1-223	ENST00000475146	SYNJ2	O15056	1496 aa		41.64	■■■■■ 4.26
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM41	Q8WV44	630 aa		41.51	■■■■■ 4.24
CPNE1-223	ENST00000475146	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		41.5	■■■■■ 4.23
CPNE1-223	ENST00000475146	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		41.5	■■■■■ 4.23
CPNE1-223	ENST00000475146	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		41.5	■■■■■ 4.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGEF11	O15085	1522 aa		41.47	■■■■■ 4.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ADAMTS12	P58397	1594 aa		41.45	■■■■■ 4.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		41.44	■■■■■ 4.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		41.39	■■■■■ 4.22
CPNE1-223	ENST00000475146	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		41.36	■■■■■ 4.21
CPNE1-223	ENST00000475146	GRIN2A	Q12879	1464 aa		41.34	■■■■■ 4.21
CPNE1-223	ENST00000475146	KIF27	Q86VH2	1401 aa		41.27	■■■■■ 4.2
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP170	Q5SW79	1584 aa		41.16	■■■■■ 4.18
CPNE1-223	ENST00000475146	NUP160	Q12769	1436 aa		41.15	■■■■■ 4.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ARAP1	Q96P48	1450 aa		41.12	■■■■■ 4.17
CPNE1-223	ENST00000475146	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		41.11	■■■■■ 4.17
CPNE1-223	ENST00000475146	IGF1R	P08069	1367 aa		41.1	■■■■■ 4.17
CPNE1-223	ENST00000475146	CUL7	Q14999	1698 aa		41.02	■■■■■ 4.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		40.87	■■■■■ 4.13
CPNE1-223	ENST00000475146	SHROOM2	Q13796	1616 aa		40.86	■■■■■ 4.13
CPNE1-223	ENST00000475146	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		40.83	■■■■■ 4.13
CPNE1-223	ENST00000475146	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		40.82	■■■■■ 4.13

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.8 ms