Protein–RNA interactions for Protein: P53609

PGGT1B, Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PGGT1BP53609 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
PGGT1BP53609 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PGGT1BP53609 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
PGGT1BP53609 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
PGGT1BP53609 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
PGGT1BP53609 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PGGT1BP53609 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
PGGT1BP53609 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PGGT1BP53609 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PGGT1BP53609 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms