Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY72

SCN3B, Sodium channel subunit beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3BQ9NY72 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN3BQ9NY72 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN3BQ9NY72 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN3BQ9NY72 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN3BQ9NY72 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN3BQ9NY72 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN3BQ9NY72 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3BQ9NY72 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN3BQ9NY72 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN3BQ9NY72 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN3BQ9NY72 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN3BQ9NY72 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN3BQ9NY72 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms