Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J238

TRAV1-2, T-cell receptor alpha variable 1-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 106 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-2A0A0B4J238 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRAV1-2A0A0B4J238 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRAV1-2A0A0B4J238 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRAV1-2A0A0B4J238 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRAV1-2A0A0B4J238 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRAV1-2A0A0B4J238 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRAV1-2A0A0B4J238 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRAV1-2A0A0B4J238 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms