Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
SMARCAL1Q9NZC9 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SMARCAL1Q9NZC9 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCAL1Q9NZC9 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCAL1Q9NZC9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
SMARCAL1Q9NZC9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCAL1Q9NZC9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCAL1Q9NZC9 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
SMARCAL1Q9NZC9 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SMARCAL1Q9NZC9 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SMARCAL1Q9NZC9 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCAL1Q9NZC9 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCAL1Q9NZC9 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCAL1Q9NZC9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SMARCAL1Q9NZC9 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCAL1Q9NZC9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
SMARCAL1Q9NZC9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SMARCAL1Q9NZC9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCAL1Q9NZC9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SMARCAL1Q9NZC9 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SMARCAL1Q9NZC9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SMARCAL1Q9NZC9 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SMARCAL1Q9NZC9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SMARCAL1Q9NZC9 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SMARCAL1Q9NZC9 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SMARCAL1Q9NZC9 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCAL1Q9NZC9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCAL1Q9NZC9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms