Protein–RNA interactions for Protein: Q13148

TARDBP, TAR DNA-binding protein 43, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 414 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TARDBPQ13148 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC17.5■□□□□ 0.391e-323■■■■■ 85
TARDBPQ13148 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC17.41■□□□□ 0.381e-323■■■■■ 85
TARDBPQ13148 TRRAP-203ENST00000417523 550 ntTSL 417.14■□□□□ 0.331e-323■■■■■ 38.1
TARDBPQ13148 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.111e-323■■■■■ 60.4
TARDBPQ13148 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.031e-323■■■■■ 60.4
TARDBPQ13148 NDUFS2-203ENST00000465923 1193 ntTSL 313.72□□□□□ -0.211e-323■■■■■ 60.4
TARDBPQ13148 NDUFS2-205ENST00000468828 899 ntTSL 311.27□□□□□ -0.611e-323■■■■■ 60.4
TARDBPQ13148 NEAT1_3.1-201ENST00000613347 159 ntBASIC11.1□□□□□ -0.631e-323■■■■■ 29.6
TARDBPQ13148 MALAT1-202ENST00000534336 8708 ntBASIC9.08□□□□□ -0.961e-323■■■■■ 35
TARDBPQ13148 MALAT1-212ENST00000618132 725 ntTSL 2 BASIC7.81□□□□□ -1.161e-323■■■■■ 35
TARDBPQ13148 MALAT1-208ENST00000616527 572 ntTSL 3 BASIC7.28□□□□□ -1.241e-323■■■■■ 31
TARDBPQ13148 TRRAP-202ENST00000359863 12677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.03□□□□□ -1.281e-323■■■■■ 38.1
TARDBPQ13148 TRRAP-201ENST00000355540 12590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.291e-323■■■■■ 38.1
TARDBPQ13148 TRRAP-207ENST00000628380 12644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.85□□□□□ -1.311e-323■■■■■ 38.1
TARDBPQ13148 MALAT1-205ENST00000610851 584 ntTSL 2 BASIC6.02□□□□□ -1.451e-323■■■■■ 30.6
TARDBPQ13148 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.471e-323■■■■■ 38.1
TARDBPQ13148 NDUFS2-213ENST00000493849 910 ntTSL 35.09□□□□□ -1.591e-323■■■■■ 60.4
TARDBPQ13148 MALAT1-206ENST00000612781 234 ntTSL 3 BASIC4.66□□□□□ -1.661e-323■■■■■ 35
TARDBPQ13148 MALAT1-216ENST00000620465 333 ntTSL 24.55□□□□□ -1.681e-323■■■■■ 31
TARDBPQ13148 MALAT1-207ENST00000613376 132 ntTSL 3 BASIC2.42□□□□□ -2.021e-323■■■■■ 33.2
TARDBPQ13148 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.823e-83■■■■■ 34.7
TARDBPQ13148 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.153e-83■■■■■ 34.7
TARDBPQ13148 CTDSP2-202ENST00000547169 1340 ntTSL 215.21■□□□□ 0.033e-83■■■■■ 34.7
TARDBPQ13148 CTDSP2-205ENST00000549039 797 ntTSL 212.47□□□□□ -0.413e-83■■■■■ 34.7
TARDBPQ13148 FHOD1-207ENST00000567752 4321 ntTSL 214.45□□□□□ -0.15e-74■■■■■ 36.3
TARDBPQ13148 FHOD1-209ENST00000569085 735 ntTSL 213.37□□□□□ -0.275e-74■■■■■ 36.3
TARDBPQ13148 FHOD1-201ENST00000258201 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.495e-74■■■■■ 36.3
TARDBPQ13148 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.758e-68■■■■■ 82.4
TARDBPQ13148 LSM14A-203ENST00000544216 3596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.38e-68■■■■■ 82.4
TARDBPQ13148 LSM14A-201ENST00000433627 3424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.348e-68■■■■■ 82.4
TARDBPQ13148 LSM14A-206ENST00000588582 3601 ntTSL 210.24□□□□□ -0.778e-68■■■■■ 82.4
TARDBPQ13148 SMAP2-205ENST00000539317 2501 ntTSL 2 BASIC10.1□□□□□ -0.791e-67■■■■■ 35.6
TARDBPQ13148 SMAP2-206ENST00000614549 2570 ntTSL 1 (best) BASIC8.74□□□□□ -1.011e-67■■■■■ 35.6
TARDBPQ13148 HBG1-202ENST00000632727 369 ntTSL 3 BASIC7.76□□□□□ -1.174e-60■■■■■ 59.4
TARDBPQ13148 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.374e-58■■■■■ 65.3
TARDBPQ13148 SEL1L3-210ENST00000513416 2344 ntTSL 28.79□□□□□ -14e-58■■■■■ 65.3
TARDBPQ13148 SEL1L3-201ENST00000264868 4369 ntTSL 1 (best) BASIC7.47□□□□□ -1.214e-58■■■■■ 65.3
TARDBPQ13148 PABPC1-202ENST00000517403 560 ntTSL 58.8□□□□□ -14e-57■■■□□ 14.8
TARDBPQ13148 HBG2-201ENST00000336906 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.789e-57■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 HBG2-204ENST00000444587 307 ntTSL 2 BASIC6.5□□□□□ -1.379e-57■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 MICALL2-215ENST00000496184 2722 ntTSL 216.46■□□□□ 0.233e-56■■■■■ 143
TARDBPQ13148 NEAT1-205ENST00000616315 483 ntTSL 2 BASIC5.35□□□□□ -1.558e-56■■■□□ 16.2
TARDBPQ13148 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.114e-54■■■■■ 35.3
TARDBPQ13148 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.114e-54■■■■■ 35.3
TARDBPQ13148 ELOF1-207ENST00000591674 679 ntTSL 2 BASIC8.28□□□□□ -1.084e-54■■■■■ 35.3
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-211ENST00000565835 905 ntTSL 317.66■□□□□ 0.427e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.337e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.067e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-207ENST00000563305 1656 ntTSL 514.61□□□□□ -0.077e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-218ENST00000602876 1554 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.377e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-217ENST00000568620 3390 ntTSL 211.3□□□□□ -0.67e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 ATP6V0D1-202ENST00000426604 1257 ntTSL 211.21□□□□□ -0.617e-54■■■■■ 54
TARDBPQ13148 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.711e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.441e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-211ENST00000530749 2558 ntTSL 220.41■□□□□ 0.861e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.831e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.671e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.131e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.121e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-203ENST00000527537 3403 ntTSL 1 (best)6.84□□□□□ -1.311e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 RDX-213ENST00000532461 3286 ntTSL 1 (best)5.43□□□□□ -1.541e-45■■■■■ 53.8
TARDBPQ13148 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.852e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 CLN6-224ENST00000638076 2323 ntTSL 1 (best)20.23■□□□□ 0.832e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.812e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 CLN6-208ENST00000567060 945 ntTSL 216.29■□□□□ 0.22e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 516.27■□□□□ 0.22e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 516.18■□□□□ 0.182e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.092e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 CLN6-219ENST00000637329 1204 ntTSL 514.15□□□□□ -0.142e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 CLN6-217ENST00000636964 3335 ntTSL 210.72□□□□□ -0.692e-43■■■■■ 32.4
TARDBPQ13148 PILRB-203ENST00000431140 772 ntTSL 313.61□□□□□ -0.237e-42■■■■□ 25.5
TARDBPQ13148 SCARNA9-201ENST00000530422 353 ntBASIC8.19□□□□□ -1.11e-40■■■■■ 68.7
TARDBPQ13148 CEP295-206ENST00000531700 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.61e-40■■■■■ 68.7
TARDBPQ13148 CEP295-201ENST00000325212 8057 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC3.96□□□□□ -1.781e-40■■■■■ 68.7
TARDBPQ13148 CEP295-203ENST00000530425 1735 ntAPPRIS ALT2 TSL 43.81□□□□□ -1.81e-40■■■■■ 68.7
TARDBPQ13148 snoU2-30.2-201ENST00000362805 70 ntBASIC2.48□□□□□ -2.015e-40■■□□□ 14
TARDBPQ13148 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.375e-39■■■■■ 38.3
TARDBPQ13148 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.185e-39■■■■■ 38.3
TARDBPQ13148 RNF121-211ENST00000530137 2202 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.315e-39■■■■■ 38.3
TARDBPQ13148 RNF121-207ENST00000526549 2375 ntTSL 212.86□□□□□ -0.355e-39■■■■■ 38.3
TARDBPQ13148 MED24-209ENST00000491466 957 ntTSL 513.2□□□□□ -0.31e-38■■■■■ 73.3
TARDBPQ13148 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.261e-37■■■■■ 34.2
TARDBPQ13148 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.051e-37■■■■■ 34.2
TARDBPQ13148 BTNL9-208ENST00000512570 885 ntTSL 515.32■□□□□ 0.041e-37■■■■■ 34.2
TARDBPQ13148 RANBP1-214ENST00000488484 699 ntTSL 215.27■□□□□ 0.042e-37■■■■■ 63.1
TARDBPQ13148 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.52e-36■■■■■ 50.4
TARDBPQ13148 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.112e-36■■■■■ 50.4
TARDBPQ13148 PTPRC-209ENST00000442510 5164 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.513e-36■■■■■ 51.8
TARDBPQ13148 PTPRC-201ENST00000348564 4626 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.73e-36■■■■■ 51.8
TARDBPQ13148 GABRE-202ENST00000417300 619 ntTSL 211.14□□□□□ -0.639e-36■■□□□ 13.7
TARDBPQ13148 GABRE-203ENST00000441219 1324 ntTSL 29.5□□□□□ -0.899e-36■■□□□ 13.7
TARDBPQ13148 SP1-202ENST00000426431 7603 ntTSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.833e-35■■■■■ 54.1
TARDBPQ13148 HBG1-201ENST00000330597 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.03□□□□□ -1.284e-35■■■■■ 42.2
TARDBPQ13148 AKIRIN1-204ENST00000531822 718 ntTSL 510.11□□□□□ -0.796e-35■■■■■ 28.4
TARDBPQ13148 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.487e-35■■■■■ 64.5
TARDBPQ13148 LAMP2-202ENST00000371335 4030 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.77□□□□□ -1.172e-33■■■■■ 49.4
TARDBPQ13148 ACTR1A-207ENST00000636707 1046 ntTSL 512.62□□□□□ -0.392e-32■■■■■ 34.6
TARDBPQ13148 ACTR1A-201ENST00000369905 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.572e-32■■■■■ 34.6
TARDBPQ13148 ACTR1A-205ENST00000487599 2726 ntTSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.662e-32■■■■■ 34.6
TARDBPQ13148 ACTR1A-202ENST00000470322 3519 ntTSL 29.02□□□□□ -0.972e-32■■■■■ 34.6
Retrieved 100 of 14,326 protein–RNA pairs in 42.2 ms