RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000348564.10

PTPRC-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRC, Length 4,626 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRC-201ENST00000348564 NISCHQ9Y2I1 1504 aa9.26□□□□□ -0.93
PTPRC-201ENST00000348564 DCAF8L2P0C7V8 631 aa8.92□□□□□ -0.98
PTPRC-201ENST00000348564 ABCC9O60706 1549 aa8.11□□□□□ -1.11
PTPRC-201ENST00000348564 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa8.01□□□□□ -1.13
PTPRC-201ENST00000348564 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP7.94□□□□□ -1.14
PTPRC-201ENST00000348564 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa7.89□□□□□ -1.15
PTPRC-201ENST00000348564 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP7.74□□□□□ -1.17
PTPRC-201ENST00000348564 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP7.74□□□□□ -1.17
PTPRC-201ENST00000348564 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa7.58□□□□□ -1.2
PTPRC-201ENST00000348564 NACADO15069 1562 aa7.55□□□□□ -1.2
PTPRC-201ENST00000348564 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa7.52□□□□□ -1.21
PTPRC-201ENST00000348564 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP7.5□□□□□ -1.21
PTPRC-201ENST00000348564 MYO15BQ96JP2 1530 aa7.5□□□□□ -1.21
PTPRC-201ENST00000348564 EHMT2Q96KQ7 1210 aa7.49□□□□□ -1.21
PTPRC-201ENST00000348564 SCRIBQ14160 1630 aa7.49□□□□□ -1.21
PTPRC-201ENST00000348564 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP7.45□□□□□ -1.22
PTPRC-201ENST00000348564 FBLN2P98095 1184 aa7.45□□□□□ -1.22
PTPRC-201ENST00000348564 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP7.39□□□□□ -1.23
PTPRC-201ENST00000348564 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP7.33□□□□□ -1.24
PTPRC-201ENST00000348564 TRIM41Q8WV44 630 aa7.3□□□□□ -1.24
PTPRC-201ENST00000348564 DNAJC5BQ9UF47 199 aa7.29□□□□□ -1.24
PTPRC-201ENST00000348564 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP7.27□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP7.27□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 MYT1LQ9UL68 1186 aa7.27□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 TRHP20396 242 aaPredicted RBP7.25□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 ERCC6Q03468 1493 aa7.25□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 CECR2Q9BXF3 1484 aa7.24□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 UNC13AQ9UPW8 1703 aa7.24□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 BICRAQ9NZM4 1560 aa7.22□□□□□ -1.25
PTPRC-201ENST00000348564 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
PTPRC-201ENST00000348564 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP7.17□□□□□ -1.26
PTPRC-201ENST00000348564 MROH2BQ7Z745 1585 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRC-201ENST00000348564 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP7.17□□□□□ -1.26
PTPRC-201ENST00000348564 APLP2Q06481 763 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRC-201ENST00000348564 UBTFP17480 764 aaKnown RBP7.15□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP7.12□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 SMARCA4P51532 1647 aa7.11□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 PLPPR3Q6T4P5 718 aa7.1□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 WIZO95785 1651 aa7.09□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 CHIC1Q5VXU3 224 aa7.09□□□□□ -1.27
PTPRC-201ENST00000348564 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP7.08□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP7.07□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP7.05□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa7.05□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 ARID3CA6NKF2 412 aa7.05□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 SMARCA2P51531 1590 aa7.04□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 CYB5RLQ6IPT4 315 aa7.02□□□□□ -1.28
PTPRC-201ENST00000348564 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP7.01□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 OSCARQ8IYS5 282 aa7□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa6.98□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 CCDC88BA6NC98 1476 aa6.98□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 NCAPD3P42695 1498 aa6.98□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 P3H3Q8IVL6 736 aa6.97□□□□□ -1.29
PTPRC-201ENST00000348564 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP6.96□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 PDS5BQ9NTI5 1447 aa6.96□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 PEG3Q9GZU2 1588 aa6.95□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 HMGXB3Q12766 1538 aa6.92□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 KCNH8Q96L42 1107 aa6.92□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP6.9□□□□□ -1.3
PTPRC-201ENST00000348564 CADPSQ9ULU8 1353 aa6.86□□□□□ -1.31
PTPRC-201ENST00000348564 BCANQ96GW7 911 aa6.86□□□□□ -1.31
PTPRC-201ENST00000348564 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP6.84□□□□□ -1.31
PTPRC-201ENST00000348564 ABCC8Q09428 1581 aa6.83□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP6.83□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP6.83□□□□□ -1.329e-6■■■■■ 50.1
PTPRC-201ENST00000348564 ITGAEP38570 1179 aa6.83□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 CFTRP13569 1480 aa6.82□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 NESP48681 1621 aa6.81□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP6.81□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa6.8□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa6.79□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 FANCD2Q9BXW9 1451 aa6.78□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 MLECQ14165 292 aa6.78□□□□□ -1.32
PTPRC-201ENST00000348564 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP6.77□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 CEP164Q9UPV0 1460 aa6.76□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 STAG3Q9UJ98 1225 aa6.76□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 CSRNP3Q8WYN3 585 aa6.75□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP6.75□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 SOGA1O94964 1423 aa6.75□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP6.74□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 FAM69CQ0P6D2 419 aa6.74□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 PLEKHD1A6NEE1 506 aa6.74□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa6.74□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 JPH4Q96JJ6 628 aa6.72□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 SYNJ1O43426 1573 aa6.71□□□□□ -1.33
PTPRC-201ENST00000348564 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 CHGAP10645 457 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 CUX1P39880 1505 aa6.7□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa6.68□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 FGD5Q6ZNL6 1462 aa6.68□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 KIF27Q86VH2 1401 aa6.68□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 TOP2BQ02880 1626 aa6.68□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 CUX2O14529 1486 aa6.67□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 EEA1Q15075 1411 aa6.67□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 TOPBP1Q92547 1522 aa6.67□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa6.66□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 MRC2Q9UBG0 1479 aa6.66□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 C14orf37Q86TY3 774 aa6.65□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
PTPRC-201ENST00000348564 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP6.65□□□□□ -1.34
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